Několikanásobný mistr světa v cyklokrosu Radomír Šimůnek způsobil v roce 1992 autonehodu, při níž zemřeli tři lidé. Soud ho poslal na osmnáct měsíců do vězení, po pěti měsících mu prezident Havel udělil milost.
Prezident Havel v roce 1995 omilostnil bývalou disidentku a jeho známou Martu Chadimovou. Před soudy stála za to, že měla zfalšovat doklady, se kterými se pokoušela získat v restitucích dům a zahradu na pražském Loretánském náměstí. Milost přijala až v říjnu 2003.
Syn olympioniků Věry Čáslavské a Josefa Odložila, Martin Odložil, v roce 1993 při hádce udeřil svého otce, který se při pádu uhodil do hlavy a zemřel. Soud ho nepravomocně poslal na čtyři roky do vězení. Než o případu stačil rozhodnout odvolací soud, Havel Odložila omilostnil.
Prezident Klaus zastavil stíhání podnikatele Zdeňka Kratochvíla za vytunelování několika firem. Důvodem byl jeho zdravotní stav. Kratochvíl byl štědrým sponzorem ODS. Klaus tvrdil, že o jeho darech nevěděl.
Klaus udělil milost Radce Kadlecové, která jako policistka přijímala úplatky od cizinců žádajících povolení k pobytu v Česku. Týdeník Respekt tehdy popsal svědectví dvou lidí, kterým Kadlecová řekla, že si milost koupila. Věcí se zabývala policie, případ nakonec odložila.
Prezident Václav Klaus rozhodl o odkladu trestu za zpronevěru u podnikatele Tomáše Maliny odsouzeného za stomilionový podvod s pohonnými hmotami. Podle médií patřil k blízkým spolupracovníkům podnikatelů Františka Mrázka a Tomáše Pitra.
Jiřího Kájínka, doživotně odsouzeného za dvojnásobnou vraždu, osvobodil prezident Zeman. Z vězení se dostal po 23 letech.
Chronicky nemocný podnikatel Pavel Podroužek, který byl stíhaný za zkrácení daně, dostal od Zemana milost, čímž mu byl prominut také podmíněný trest za to, že řídil opilý. Podle vyjádření Hradu mu selhávaly orgány. Podroužek však později u jiného soudu řekl, že se cítí dobře a prognózy lékařů se nenaplnily.
Šéf Lesní správy Lány Miloš Balák byl odsouzený ke třem letům vězení za ovlivňování veřejných zakázek v Lánské oboře, která spadá pod Hrad. Zeman ho omilostnil s tím, že je bezúhonný a pracovitý.
Podmíněný trest v kauze Vojenského zpravodajství prominul Zeman manželce bývalého premiéra z ODS Petra Nečase, Janě Nečasové. Prezident svůj krok vysvětloval tím, že od činu uběhlo deset let a Nečasová žije řádně.
Odsouzení měli za desetiletého působení Miloše Zemana na Hradě nejmenší šanci, že se díky zásahu prezidenta dostanou na svobodu. Ještě před svým zvolením v roce 2013 Zeman tvrdil, že pravomoc udělovat milost příliš využívat nebude. Považoval je za feudální přežitek. Výjimkou měly být případy nevyléčitelně nemocných, kteří se nedopustili závažného trestného činu.
Svůj slib ale nedodržel. Většina z 25 lidí, které během deseti let omilostnil, netrpěla nevyléčitelnou nemocí. Na svobodu dostal v roce 2017 například doživotně odsouzeného vraha Jiřího Kajínka nebo šéfa hradní Lesní správy Lány Miloše Baláka odsouzeného za ovlivňování veřejných zakázek v Lánské oboře. I přesto ale Zeman této pravomoci využíval výrazně méně než jeho předchůdci. Václav Klaus udělil milost 412 lidem, Václav Havel dokonce 1247.
První dva čeští prezidenti navíc vyhlásili i plošné amnestie. Havlovo rozhodnutí dostalo na svobodu asi tisíc vězňů, Klausovo přes 6 tisíc. Havel navíc vyhlásil amnestii i v roce 1990 jako prezident Československé socialistické republiky, tehdy se na svobodu dostalo 12 600 odsouzených. Zeman se na závěr svého mandátu nechystá podle ministra spravedlnosti Pavla Blažka amnestii vyhlásit. "Tady Miloš Zeman dodržel svůj slib a žádná se neplánuje," řekl v polovině ledna v České televizi. Zemanův mluvčí Jiří Ovčáček na otázku neodpověděl.
I další svou pravomoc využíval Zeman v porovnání se svými předchůdci jen minimálně. Za desetileté období vetoval zákon jen desetkrát. "Nejmírnější" byl na předsedu ANO Andreje Babiše. Po dobu jeho čtyřletého vládnutí v letech 2017 až 2021 mu nevetoval ani jeden zákon. Pouze jednou návrh zákona nepodepsal, a to na konci roku 2020 daňový balíček, který zrušil superhrubou mzdu a zavedl zdanění příjmů fyzických osob sazbami 15 a 23 procent.
Nepodepsání zákona přitom nemá žádný reálný vliv. Pokud prezident zákon do 15 dnů od jeho přijetí v parlamentu nevetuje ani nepodepíše, nahlíží se na něj tak, jako by ho hlava státu podepsala. Tuto praxi zavedl Václav Klaus, který takto postupoval ve třinácti případech. Právě Klaus veta využíval ze všech tří českých prezidentů nejčastěji - více než Havel a Zeman dohromady. Za premiéra Jiřího Paroubka z ČSSD se takto pokoušel zastavit dvacet zákonů, z toho čtrnáct v roce 2006. Zákony ale vetoval i svému přímému nástupci na postu předsedy ODS Mirku Topolánkovi.
Prezidenti ovšem bývají se svými vety jen málokdy úspěšní. V historii samostatného Česka do sněmovny takto vrátili celkem 102 zákonů, ale jen 17 z nich pak skutečně nebylo přijato. Například Zeman zabránil přijetí jen jediného zákona.
Výhradní pravomocí prezidenta je i udělování státních vyznamenání. V prvních dvou letech samostatného Česka se slavnostní ceremoniál nekonal, první metály prezident Havel rozdával až v roce 1995. Mezi prvními vyznamenanými byl například nastupující prezident Petr Pavel, který dostal medaili Za hrdinství za osvobození francouzských vojáků, herec Jiří Voskovec, písničkář Karel Kryl, zpěvačka Marta Kubišová nebo spisovatel Karel Čapek. Ačkoliv Havel dával vyznamenání jen během osmi let, z prezidentů jich udělil nejvíce.
Zeman jich dal o 27 méně. Výjimečně uděloval vyznamenání i letos, tedy jindy než v obvyklý 28. říjen. Na Nový rok udělil in memoriam medaili Za hrdinství Janu Dvořákovi, který jako dobrovolný hasič zahynul při požáru roubenky v Novém Boru - Arnultovicích. Ve čtvrtek pak udělil nejvyšší české vyznamenání rakouskému prezidentovi Alexanderu Van der Bellenovi. Český prezident naopak obdržel nejvyšší rakouské státní vyznamenání, Velkou hvězdu čestné dekorace.