Až do konce první světové války zůstal v rakouské uniformě. V hodnosti podmaršálka byl ještě v době vyhlášení samostatného Československa na italské frontě. Podařilo se mu uchránit svoji divizi před zajetím a obratně ji vyvést z italské pasti. I když nová republika potřebovala zkušené velitele a Podhajský byl jmenován zemským velitelem pro Moravu a Slezsko, nikdy se nezbavil puncu "Rakušáka".

Jeho působení v československé armádě provázela častá rozčarování. Ostře se postavil proti jazykovým zkouškám, které měli skládat důstojníci s německým vzděláním. Sám neměl české školy, ale podobnou zkoušku považoval za ponižující. "Nescházely ani otázky jako 'kolik psů měla babička Boženy Němcové a jak se jmenovali'. A z toho jsem měl složit jazykovou zkoušku?" vzpomínal s odstupem let. Zemřel na Štědrý den rok po konci druhé světové války.