Vzorky, které dostali k prověření ve městě Pretorie, byly zvláštní. PCR testy běžně odhalují koronavirus tak, že v jeho struktuře pátrají po třech konkrétních genech. Jenže právě jeden z nich, označovaný písmenem "S", najednou scházel, popisuje server Africa News.
O několik dní později si podobné nesrovnalosti všimli i v dalších soukromých laboratořích. Ve stejné době začal navíc prudce narůstat počet nakažených v provincii Gauteng, kde leží i šestimilionový Johannesburg a další z laboratoří Lancetu.
"Jako první nás napadlo, že klidný prosinec a vánoční prázdniny jsou ty tam," říká zdejší patoložka Allison Glassová americkému serveru CNN.
Busy day on B.1.1.529 - a variant of great concern - The world should provide support to South Africa and Africa and not discriminate or isolate it! By protecting and supporting it, we will protect the world! A plea for billionaires and financial institutions. 1/8 tweets
— Tulio de Oliveira (@Tuliodna) November 25, 2021
S odstupem času se ukázalo, že nová, nakažlivější varianta koronaviru omikron byla ve světě rozšířená i předtím, než na její existenci veřejně upozornili jihoafričtí experti. Právě zdejší laboratoře ale zmutovanou verzi viru poprvé popsaly a uvedly tím do pohybu řetězovou reakci uzavírání hranic a přísnějších pandemických opatření.
Varianta omikron, která svůj název dostala od Světové zdravotnické organizace (WHO) tři týdny po zjištění jihoafrických laboratoří, prodělala "velký evoluční skok". Má velký počet mutací a mnoho z nich je i na povrchu viru, což ovlivňuje jeho chování. Jsou navíc ve "velmi neobvyklé konstelaci", uvádí Tulio de Oliveira, jihoafrický epidemiolog, který viry zkoumá.
Koronavirus je v tomto případě změněný natolik, že to zaznamenají i obyčejné laboratorní PCR testy. Proto si omikronu všimli brzy i technici v Pretorii.
Příprava se vyplatila
Hned poté se jihoafričtí vědci pustili do sekvenování nové varianty - komplikované a relativně nákladné analýzy genové struktury virových částic. Její výsledky už měli tou dobou také experti ze sousední Botswany. "Ukázalo se, že máme před sebou úplně jiný virus," vysvětluje Eftyxia Vardasová z laboratoře Lancetu v Johannesburgu. "A to byl objev omikronu," dodává.
Vardasová poslala vzorky do Národního ústavu pro nakažlivé choroby, kde se jich ujal právě Tulio de Oliveira, přední jihoafrický virolog. Ten zároveň stojí v čele jihoafrické Sítě pro genomickou analýzu (v angličtině Network for Genomic Surveillance), která sdružuje soukromé laboratoře, veřejné instituce i akademická pracoviště. Vznikla loni v létě se záměrem posílit připravenost Jihoafrické republiky na výzvy současné pandemie.
Vyplatilo se. De Oliveira byl schopen do 36 hodin předat podrobnou zprávu o nové variantě Světové zdravotnické organizaci a dalším úřadům.
"Požádali mě, abych si promluvil s jihoafrickým prezidentem Cyrilem Ramaphosou," vzpomíná vědec na rozhovor, který se odehrál 25. listopadu. Ve světových médiích se tou dobou už začaly objevovat první články o "nové jihoafrické mutaci". Po rychlé konzultaci epidemiologa se státníkem proto padlo rozhodnutí co nejrychleji a nejtransparentněji informovat zbytek světa.
Pacient nula zatím není
Kde se virus původně vzal, de Oliveira ani další vědci zatím nevědí. Neexistuje žádný pacient nula, tedy prokazatelně první nakažený.
"První případy byly popsány v Botswaně a pak v Jihoafrické republice, což ale neznamená, že právě odsud omikron pochází," říká ředitel Afrického centra pro kontrolu a prevenci nemocí John Nkengasong. Množí se naopak důkazy, že nová varianta cirkulovala mezi lidmi už na začátku října.
Výrazná odlišnost omikronu může znamenat, že se virus rychleji šíří - což potvrzují i první testy. Na prověřené klinické studie se ale zatím čeká.
První výsledky nicméně naznačují, že imunita vyvolaná proděláním nemoci covid-19 nebude proti omikronu příliš účinná. Podobně jako léčba monoklonálními protilátkami, jejichž účinnost také záleží na podobě samotného viru. Vakcíny by naopak mohly zabírat, pokud lidé podstoupí třetí, posilující dávku, jak tento týden informovali zástupci firem Pfizer a BioNTech. Symptomy po nákaze omikronem se zdají být mírnější než ty, které způsobuje nyní převládající varianta koronaviru delta.
Mezitím už existuje i druhá verze omikronu, kterou je těžší odhalit pouhým PCR testem, protože má méně mutací. V pátek o tom informovaly australské úřady. "Máme omikron a něco jako omikron. Co to znamená pro závažnost nemoci nebo účinnost vakcíny, zatím nevíme," citovala agentura Bloomberg australského státního epidemiologa Petera Aitkena.
