Auditoři Evropské komise našli pochybení v každém druhém projektu, který prověřovali. Předběžná zpráva auditorů poukazuje především na premiérův střet zájmů. Našlo se však mnoho dalších nedostatků. Nejčastěji šlo o firmy z koncernu Agrofert, které získávaly peníze z operačních fondů na inovace, za které však nakoupily běžně dostupné technologie.