Auditoři Evropské komise našli pochybení v každém druhém projektu, který prověřovali. Předběžná zpráva auditorů poukazuje především na premiérův střet zájmů. Našlo se však mnoho dalších nedostatků. Nejčastěji šlo o firmy z koncernu Agrofert, které získávaly peníze z operačních fondů na inovace, za které však nakoupily běžně dostupné technologie.
Účelové spojení s malým zámečnictvím
Auditoři Evropské komise Agrofertu vyčítají, že při žádání o dotace využívá malé podniky, se kterými se o ně hlásí. Koncern, který je ve svěřenském fondu premiéra Babiše, by jinak byl při vyhodnocování byl kvůli své velikosti znevýhodněn, dotace totiž slouží především pro malé a střední podniky.
Jako příklad je v auditní zprávě uveden postup při žádosti o peníze na školení zaměstnanců firmy Synthesia, která pod koncern spadá. Jedním z bodovacích kritérií, na základě kterých společně dotaci získala, byla velikost firmy. Malé podniky obdržely 20 bodů, střední 10 bodů a velké zůstaly bez bodu.
Synthesia proto o dotaci žádala společně s malou firmou Zámečnictví Šejvl, díky čemuž získala žádost v této kategorii 10 bodů (při společné žádosti se body za velikost průměrují). Z dotace ve výši téměř 1,9 milionu korun však zámečnictví obdrželo pouze 10 tisíc korun, tedy jen 0,53 procenta z celkové částky. Zbývající částka pak zamířila do firmy Synthesia.