Petráček řekl, že za nestandardním krokem vidí tlak některých českých biskupů, jimž se jeho veřejné vystupování nelíbí.
Děkan školy Vojtěch Novotný svůj krok vysvětluje šetřením. "Je to standardní pracovněprávní záležitost, kterou běžně nekomentuji, protože se jedná o zaměstnance fakulty. Cílem je efektivizace hospodaření fakulty," řekl Deníku N. "Vedení UK vnímá závažnost vzniklé situace, o které nebylo ze strany KTF UK předem informováno. Rektorka UK Milena Králíčková požádala neodkladně o dodání informací a podkladů, zda byly dodrženy standardní mechanismy a odpovídající předpisy, a osobně se v krátké době s vedením fakulty sejde. Smyslem těchto kroků je vyjasnění a uklidnění situace," uvedla Univerzita Karlova na webu.
Proti Petráčkovu odvolání se ostře ohradil katolický kněz a teolog Tomáš Halík. "Jako profesor Univerzity Karlovy vyjadřuji tímto důrazný veřejný protest proti odstranění vynikajícího odborníka na církevní dějiny Tomáše Petráčka," uvedl na Facebooku. "S jednotlivými články a rozhovory kolegy Petráčka, jimiž na základě své odbornosti historika zve k hlubšímu zamyšlení nad některými často zjednodušovanými morálně-politicko-právními stanovisky v aktuálních společenských diskusích, jistě leckdo nemusí souhlasit, avšak k synodální cestě církve - jak zdůrazňuje papež František - patří svobodná výměna názorů a vzájemné naslouchání a v akademické oblasti je perzekuce za názory, pokrytecky maskovaná jinými důvody, naprosto nepřijatelná," uvedl Halík a vyzval děkana Novotného k rezignaci.
"Pokud se děkan fakulty nedovede jasně postavit za svého zaměstnance, odborníka s mezinárodním renomé, proti mocenským ideologickým nátlakům z jakékoliv strany, měl by zvážit rezignaci na svůj úřad. I v církvi je podle církevního práva nepřípustné za jakékoliv názory postihovat člověka, pokud se s ním dříve nevede osobní dialog s možností vysvětlit a obhájit svá stanoviska," dodal.
Petráčkovo odvolání přišlo krátce před zahájením akademického roku. Petráčkovi doktorandi podle něj dostali zprávu o tom, že on jako jejich školitel končí a oni s ním nemohou pokračovat, jen pár hodin poté, co on sám obdržel zprávu o konci svého angažmá. "Bylo jim sděleno, že pokud chtějí pokračovat ve studiu, bude jim přidělen jiný školitel. To je tak nestandardní krok, že to nemá moc obdoby. Pokud třeba člověk odchází do důchodu, zůstane mu malý úvazek, aby mohl podobné úkoly dokončit," řekl Petráček, který krok vedení školy vnímá jako osobní mstu. Doktorandi se podle něj do značné míry rozhodují nepokračovat ve svém studiu, které už školu, a tedy i společnost, stálo nemálo peněz.
Petráček byl v nedávné době jedním z iniciátorů výzvy na odstranění ultrakonzervativní Aliance pro rodinu ze státních struktur. Tato organizace podle signatářů zlehčuje důležitost volebního práva žen, šíří morální paniku a davovou hysterii, popírá a znevažuje vědecké poznání a ohrožuje zdraví a psychický vývoj dětí a mládeže naznačováním toho, že homosexualita je nemoc.
Tato výzva vyvolala v českém církevním prostředí polemiku a následoval ji mimo jiné dopis, v němž se za alianci postavila i velká část českých a moravských biskupů.
"Ale hlavně to, co jsem říkal veřejně, je, že si nemyslím, že je správné a nutné, aby se (v diskusi o manželství stejnopohlavních párů) církve angažovaly jako jakýsi štít a meč hnutí, které je proti. Apeloval jsem na nějaké rozlišování, že se jedná o státní zákonodárství a že to není jednoduché," řekl. Stejně jako některým dalším, spíše mladším křesťanům se mu nelíbí spojování představitelů české katolické církve s populistickými politiky. "Myslím, že tím církve ubližují samy sobě," řekl.
"Myslím, že moje odvolání je spíše dlouhodobá záležitost. Vedení fakulty se moje názory nelíbí a stávající děkan mi několikrát v minulých letech řekl, že tlak ze strany některých členů České biskupské konference je velký. Pochází to už z doby, kdy se začalo bojovat o Istanbulskou úmluvu v roce 2018," doplnil Petráček.