Jednou z motivací německé operace byla obava z války s Německem. Stalin perzekuce zahájil na zasedání politbyra komunistické strany SSSR z 20. června 1937 rozkazem: "Všechny Němce na našich vojenských, polovojenských a chemických závodech, v elektrárnách i na stavbách, ve všech oblastech zatknout." Diktátor tak rozhodl o životě a smrti tisíců cizinců žijících a pracujících v Sovětském svazu. Nejprve Němců a pak i Čechů, Poláků, Francouzů, Řeků, Rakušanů, Estonců, Lotyšů či Američanů.
Byli mezi nimi i mnozí specialisté jako bratři Anton a Karel Šilhaví, kteří do Sovětského svazu přijeli hledat práci či pomoci budovat komunismus. Při německé operaci úřady zatkly 55 tisíc lidí, z toho necelých 42 tisíc popravily.