Jaké existují druhy testů na koronavirus covid-19 a čím se od sebe liší?
Jsou dva druhy. Jeden je založen na přímém průkazu ribonukleové kyseliny viru, kterému se také říká PCR. Ten by se měl používat při prohledávání populace na přítomnost viru, abychom věděli kde se nám pohybují pozitivní pacienti.
Druhý je založen na průkazu protilátek a ten je vhodný třeba na období rekonvalescence, kdy už nemoc proběhla a zajímá nás, jestli se pacient s nákazou setkal. Proto mu měříme protilátky.
Mluví se také o rychlotestech, kdy výsledky známe v řádu hodin. To jsou testy na protilátky?
Přesně tak. Nejsou to testy, které by odhalily nakažené bez symptomů nebo ty, kteří se s virem setkali v relativně nedávné době a tudíž si ještě nevytvořili protilátky. Tomu se říká sérologické okno, takový test bude falešně negativní. To může trvat různě dlouhou dobu, ještě nevíme přesně, záleží na imunitním systému nakaženého.
Někteří lidé, kteří mají poškozenou imunitu, si ty protilátky budou vytvářet třeba tři týdny. Stejně tak to může trvat týden. Ale určitě je to ve dnech a týdnech, nikoli hodinách. Protilátkový test je tedy rychlý, levný a vhodný, ne ale pro záchyt nakažených nebo bacilonosičů v populaci.
A ten, který jste vyvinuli vy, patří do které kategorie?
To je PCR test, určený k záchytu nakažených jedinců v populaci.
Soňa Peková (*1974)
Česká molekulární genetička. Vystudovala všeobecné lékařství na LF UK v Hradci Králové. Pracovala v Ústavu molekulární genetiky Akademie věd ČR a Ústavu hematologie a krevní transfuze. V roce 2006 získala na 1. lékařské fakultě UK doktorát v oboru molekulární biologie, genetiky a virologie.
Poté pracovala v řadě soukromých laboratoří. V roce 2017 se stala soudní znalkyní v oborech molekulární biologie, molekulární genetika a molekulární mikrobiologie pro humánní i veterinární otázky. V březnu 2020 jako vedoucí Tilia Labs odhalila dva případy nákazy virem SARS-CoV-2 a tvrdí, že vyvinula nový typ testu na detekci tohoto viru. Ten ale čeká na oficiální schválení.
Jak dlouho trvá?
V ideálních podmínkách, když budu mít vzorek jediného pacienta a budu se věnovat jen jemu, protože je potřeba udělat několik kroků, bude hotový zhruba za čtyři hodiny.
Když ale zpracováváme vzorky např. stovky pacientů, čas se adekvátně prodlouží a výsledky jsou druhý den. Tento náš test není časově rychlejší než standardní protokol CDC, je založen na stejné technologii, ale je přesnější a méně náročný na obsazení přístroje a chemikálie.
Místo tří cílů, které byly potřeba prozkoumat podle protokolu CDC, hledáme jen jeden úsek viru. Místo tří zkumavek mi stačí jedna, místo tří pozic v přístroji mi stačí jedna a spotřebuji třikrát méně ingrediencí. A můžu vyšetřit třikrát více pacientů.
Proč jste si vybrali jiný segment viru než CDC test? V čem je jiný?
Původní test byl zaměřen na tu část genomu viru, která kóduje bílkovinu. Jenže se zdá, že virus má vysokou mutabilitu (schopnost se měnit, mutovat - pozn. red.), protože máme potvrzené zprávy, že již vyléčený pacient se může nakazit znovu. Což znamená, že virus zmutoval a změnil některé významné sekvence. Na ně je zaměřen původní test.
Náš test míří na tu část genomu, která mutaci nepodléhá. Nebo alespoň nevíme z žádného výzkumu nejrůznějších virů, že by tato část někdy podléhala významnějším změnám. Test by měl být stabilní a funkční v čase bez ohledu na to, jak virus mutuje.
Virus mění kabát
Vysoká schopnost mutovat je zjevně špatnou zprávou pro vývoj vakcíny. Může to znamenat, že se ji třeba nikdy nepodaří vyvinout?
Bohužel se to může stát. Je to podobné jako s očkováním proti chřipce. Také se stává, že kmen, který přijde příští rok bude trochu jiný než ten letošní.
Takže nebude fungovat ani žádná kolektivní imunita, promoření - tedy vytvoření účinných protilátek v populaci?
To je právě ten problém. Virus může obrazně řečeno měnit kabát. Poprvé přijde v červeném a já ho porazím. On ale pak zmutuje, přijde v modrém kabátě, já ho nepoznám a musím si vytvořit protilátky od nuly.
Co říkáte teoriím, že virus bude postupně slábnout, až bude nebezpečný zhruba jako obyčejná rýma…
Kéž by. Tím, že je mutací opravdu hodně, budou některé jeho nebezpečnost určitě oslabovat. Stejně tak ho ale jiné budou posilovat. Obojí je možné. Já bych si samozřejmě nejvíc přála, aby jednoduše chcípnul a zmizel…
Co by měly v této situaci dělat vlády, nejen ta česká?
Musíme testovat, musíme vědět, kde se virus pohybuje, pochopit jeho projevy. Vidíme, že jsou lidé, kteří mají v sobě vysoké množství viru a přitom nemají skoro žádné klinické příznaky. Musíme sbírat data, protože nic podobného jsme tu dosud neviděli. Pořád zjišťujeme něco nového.
Na začátku jsme si mysleli, že nebude mít příliš schopnost mutovat. Teď vidíme, že je to přesně naopak. Takže je velmi dobře, a za to vládě děkuji, že umožnila, aby na diagnostické pole vstoupilo maximum laboratoří a tím pádem můžeme získávat více dat. Karanténa rozhodně zbytečná není, pomáhá maximálně omezit šíření viru v populaci. Současně se musí testovat.
V první fázi jsme se zaměřovali na pacienty s klinickými příznaky, dušností, bolesti na hrudi, teplotou, pocením. Pokud byli testováni pozitivně, tak se do karantény uzavírali všichni jejich blízcí. Jenže se ukázalo, že nám unikají nakažení, kteří symptomy neměli. Takže masivní karanténa je jedno z nejúčinnějších epidemiologických opatření.
Postupem času je bude možné uvolňovat, ale k tomu potřebujeme testovat. Takže jak říká šéf WHO (Světové zdravotnické organizace OSN - pozn.red.): "Testovat, testovat, testovat". Stát přece nemůže všechny lidi strčit do karantény, někdo musí pracovat, aby stát mohl fungovat.
Proč téměř neexistují případy nakažení koronavirem ze strany dětí?
Mám svou teorii, uvidíme, jestli se potvrdí. Ve virologii existuje fenomén, kterému se říká exkluze superinfekce. Jednoduše jde o to, že pokud je buňka infikována virem stejné skupiny a ten je neškodný, tak další virus, mnohem nebezpečnější, už se do ní nedostane. Ten virus, který se do ní dostane jako první, tomu druhému řekne: Pardon, tady je obsazeno.
Neškodných koronavirů mají děti plné horní cesty dýchací, to je příčina takových těch řídkých nudlí u nosu. Takže potom může kolem letět SARS-CoV-2 a ani si lidově řečeno neškrtne. Přitom není důvod, proč by se neměly nakazit, vždyť malé děti jsou neustále nemocné, jejich imunita se teprve vytváří. Pošlete je do školky a hned jsou doma. Žádnou superimunitu nemají a to je nejspíše paradoxně chrání.
Rychle se replikuje a šíří
Čím se koronavirus covid-19 liší od jiných virů?
Podle mne v regulační oblasti. Tam má jiné sekvence než koronavirus z netopýra, jakkoli to tělo viru z něj určitě pochází. Má hrozně vysokou replikační aktivitu a proto je tak nakažlivý. S tím také souvisí schopnost mutovat v čase, stále se objevují kmeny, které jsme ještě neviděli.
Koronavirus k obojímu - množení i přepisování své genetické informace - potřebuje enzym, který se jmenuje RNA-dependent RNA polymerase (anglicky - pozn.red.). Ten je specifický v tom, že nemá tzv. proof-read activity, jednoduše řečeno nedává pozor, že zakládá chyby. Čím je tento enzym hnán do co nejrychlejšího rozmnožování, tím vyšší je pravděpodobnost, že u toho naseká nějaké chyby. Oproti netopýřímu koronaviru došlo ke změně v regulační části. Žene ho teď do takových výkonů, které normálně u koronavirů nepozorujeme.
Od začátku nevylučujete, že koronavirus je dílem člověka. Nedávná studie v prestižním americkém časopise Nature to vylučuje.
Vyšlo to v Nature Medicine, jednom z nejrespektovanějších časopisů. Je výborný, velmi podrobný článek. Jen se věnuje výhradně strukturálním částem viru a ani slovem se nezmiňuje o regulačních oblastech, kde podle mého názoru právě došlo ke změnám.
Proč nevylučuji jiný než přírodní původ? Virů není nekonečné množství. Takže když máme pacienta s nějakými symptomy, umíme docela dobře cílit na to, který virus to asi bude. Když jsou příznaky jedny, asi to budou chřipkové viry, když má průjem, jdeme po jiných virech, když má kožní onemocnění, hledáme herpetické viry.
Stejně tak očekáváme, že když je pacient nakažený koronavirem, bude to nějak vypadat. Obvykle je to rýma, maximálně lehký katar horních cest dýchacích, ale to za týden přejde. Jenže tenhle koronavirus se všemu vymyká a vytváří novou kategorii onemocnění, což je přinejmenším zvláštní.
Strávila jsem léta v molekulární genetice, klonovali jsme, využívali různé virové partie pro genové inženýrství. Takže když jsem uviděla sekvenci té regulační části, první co mě napadlo, že to nevypadá jako přírodní výtvor. Ale je to jen můj názor, musí se na to podívat další lidé.
Ostatně v našem testu se přesně na tuto část zaměřujeme. Takže každý, komu jsme náš test poskytli, si může udělat obrázek sám a říct, jaký dojem to na něj dělá.
Co se proti šíření koronaviru vlastně dá prakticky dělat?
Je možné, že bude mít podobný průběh jako SARS, který během jednoho roku zmizel. Jenže kvůli té mutabilitě (mutování a dalšímu šíření - pozn. red.) si spíše myslím, že to bude na dlouho. Asi bude potřeba přistoupit k nějakým genově upraveným vakcínám, bude to spíš molekulární, nikoli imunologická záležitost. Podobné vakcíny na jiné nemoci existují, ale jsou zatím v experimentální fázi.
Máte na závěr nějaký vzkaz pro lidi, kteří čelí nákaze koronaviru?
Bez ohledu na jeho mutování, což není úplně dobrá zpráva, můj vzkaz je, že pokud má někdo koronavirus, není to žádný rozsudek smrti. Považuji za hrozně důležité, aby populace byla maximálně v klidu a řídila se karanténou, nosila roušky a snažila se žít podle možností normální život. Musíme to přečkat, nic jiného nám nezbývá. Musíme si uchovat humor, dobrou náladu a třeba už v létě z toho budeme venku. Kéž by se to stalo.
Rozhovor byl původně publikován v ruštině redakcí Rádia Svoboda. https://www.svoboda.org/a/30525376.html
VIDEO: Máme návod na snadný test na koronavirus.
