Výjimku pro svěřenské fondy, které kvůli zákonu o střetu zájmů využil Babiš pro uložení Agrofertu, kritizovala i řada opozičních stran. Už dříve přišly s pozměňovacími návrhy na její odstranění.
Podle předlohy by byl Babiš považován za vlastníka svěřenských fondů, do kterých vložil holding Agrofert, ale nikoliv za vlastníka samotného holdingu. Podle kritiků mu ustanovení nahrává ve chvíli, kdy jeho střet zájmů řeší unijní orgány. Vláda novelu schválila 1. června hlasy ministrů za ANO. Ministři za ČSSD se hlasování zdrželi, protože výjimka pro svěřenské fondy podle nich překračuje rámec příslušné evropské směrnice.
Chvojka uvedl, že názor ČSSD je jasný. "Ten návrh, který přišel z vlády, nepodporujeme. Budeme se snažit, aby v rámci projednávání, předpokládám, že na ústavněprávním výboru, dostál změn, aby ta výjimka vypadla a nikdo neměl dojem, že se tam udělaly změny, aby díky nim byl v komfortní situaci premiér Babiš," řekl.
"My chceme, aby zákon byl projednán v prvním čtení co nejdříve, protože také souvisí se zákonem na opatření proti legalizaci výnosu z trestné činnosti. Doufejme, že dnes na něj dojde, pokud ne, projednáme ho začátkem září," řekl předseda klubu ANO Jaroslav Faltýnek. "Ve druhém čtení bude určitě prostor na to, aby byl nalezen kompromis a všechny subjekty ve sněmovně byly spokojeny," doplnil.
Starostové a nezávislí v červnu představili pozměňovací návrhy, které by výjimku vypustily, ale také například rozšířily množství informací dostupných v ministerské evidenci. Šéfka TOP 09 Markéta Pekarová Adamová uvedla, že začlenění výjimky vládou do předpisu je jedním z příkladů, kdy se Babišův střet zájmů projevuje v praxi. "Přečetla jsem si evropskou směrnici, tam varianta, že by pro svěřenské fondy měly platit jiné podmínky, není," řekla.
Na to upozornil i předseda KDU-ČSL Marian Jurečka. Vláda do zákona podle něj vnesla prvek nad rámec implementace evropské legislativy. "Budeme se snažit s ostatními opozičními stranami pozměňujícími návrhy upravit nastavení tak, aby bylo naprosto zřejmé, že nemůže být obcházen institut, pro který zákon vzniká, aby bylo jasné, kdo je majitelem," řekl.
Pirátský poslanec František Navrkal varoval, že výjimku by nemusel využívat jenom Babiš. "Nechceme, aby se Česká republika stala jakýmsi rájem netransparentnosti v rámci Evropské unie, kam budou firmy unikat podobně, jako unikají do daňových rájů," řekl.
Podle šéfa SPD Tomia Okamury by mělo být možné dohledat, kdo je skutečným majitelem každého subjektu, který dostává dotace. Předseda KSČM Vojtěch Filip spatřuje problém především v tom, jak upravuje svěřenské fondy občanský zákoník.
Babiš nařčení ze střetu zájmů opakovaně odmítá a označuje ho za politickou záležitost. Loňská zpráva auditorů Evropské komise týkající se dotací z evropských strukturálních fondů uvedla, že Babiš ve střetu zájmů je. Podle zprávy má stále vliv na holding Agrofert, ač ho v roce 2017 vložil do svěřenských fondů.
