Dotaz na Mynářovu bezpečnostní prověrku ve výboru vznesl poslanec Pirátů Mikuláš Ferjenčík. "Žádný zákon mi neříká, že mám mít prověrku. To znamená, že já se o žádnou prověrku neucházím," odpověděl Mynář.
Mynář v minulosti podal na Národní bezpečnostní úřad (NBÚ) správní žalobu, kterou se bránil proti tomu, že mu úřad nepřiznal prověrku na stupeň přísně tajné, počátkem roku 2016. V žalobě napadal proceduru vyřízení jeho věci a důvody, pro které úřad prověrku neudělil.
Zákon povinnost bezpečnostní prověrky pro hradního kancléře neřeší. Změnit to chtěli poslanci Starostů a nezávislých (STAN), sněmovna ale jejich novelu předloni odmítla. Absence bezpečnostní prověrky vyššího stupně podle odborníků nejvyššímu hradnímu úředníkovi komplikuje práci. Nesmí se seznamovat s utajenými skutečnostmi, nemůže proto prezidenta doprovázet například na jednání NATO.
Podle vyjádření prezidentova mluvčího Jiřího Ovčáčka z loňského ledna potvrdil NBÚ, že to, jak je v prezidentské kanceláři nastaven způsob a úroveň bezpečnostních prověrek, je podle zákona a dodržuje veškerá pravidla pro nakládání s utajovanými informacemi.
Zeman v roce 2013 půl roku po nástupu do funkce prezidenta řekl, že je Mynářovou povinností o prověrku požádat. "Jinak mu hrozí ztráta místa kancléře. Buď ji dostane a zůstane kancléřem, nebo si budu muset shánět kancléře jiného," uvedl. Mynář o prověrku na stupeň přísně tajné požádal koncem roku, kvůli průtahům s dodáním potřebných materiálů ale podle médií začalo prověřování až skoro rok poté.
Po informacích ze září 2015, že NBÚ prověrku odmítl udělit, Zeman řekl, že pokud Mynář neuspěje s odvoláním, zbaví jej funkce. V březnu 2017 však prezident uvedl, že pokud Mynář bude dobře vykonávat svou práci a kvůli pomalým soudům nebude rozhodnuto o jeho odvolání, nevidí důvod, aby z funkce odcházel.
Loni v lednu Mynář správní žalobu stáhl, krok zdůvodnil obavou o spravedlnost procesu. Hrad tehdy oznámil, že pro výkon jeho funkce je plně dostačující současná prověrka na stupeň vyhrazené.
