Badal s arcibiskupem Dukou spolupracoval dlouhodobě, byl jeho hlavním poradcem pro mediální záležitosti, v roce 2010 se pak stal jeho osobním tajemníkem. Byl uznávaným publicistou i knězem, s kardinálem Dukou dokonce společně napsal knihu Bílá kniha církve s černou kapitolou: 20 let svobody 1989 - 2009. Působil také jako ředitel odboru vnějších vztahů pražského arcibiskupství.
Kontroverzi však vzbudily ve veřejném prostoru některé jeho názory, v srpnu 2012 například připojil svůj podpis pod oficiální žádost za propuštění Davida Ratha. Svůj krok zdůvodnil lidským pochopením Rathovy rodiny, která bydlí v jeho farnosti.
R.I.P. Milan #Badal 😢 Odešel přítel, bývalý šéfredaktor @katydcz, tajemník @dominikduka a nejlepší kuchař. Budeš nám chybět padre ❤️@Lotzasrando
— Tomáš Zdechovský 🇨🇿 (@TomZdechovsky) March 24, 2019
Pozornost si získala také jeho tvrdá kritika muslimů po útoku islamistů na kostel ve francouzském Saint-Étienne-du-Rouvray v roce 2016. Vystoupil tehdy v České televizi, kde se ostře vymezil proti islámskému vyznání. Uvedl tehdy, že islám a islamismus jsou si podobnější, než se zdá. Média podle něj z důvodů politické korektnosti neinformovala o přibývajících útocích na kostely ve Francii, argumentoval při tom však nerelevantními daty z dezinformačního protiuprchlického serveru (psali jsme zde).
Zatímco většina křesťanských duchovních považuje islám za spřátelené náboženství, které věří ve stejného Boha a uznává křesťanské proroky, Badal tuto myšlenku odsoudil a dodal, že islám je na rozdíl od křesťanství spjat s násilím. Řada kněží poté jeho výroky odsoudila.
Milan Badal vedl za minulého režimu samizdatový teologický časopis Sursum, po sametové revoluci stál u zrodu nakladatelství Petrov. Podstoupil řadu výslechů StB poté, co byl zatčen společně se sochařem Otmarem Olivou, s nímž byl na vojně. Na základě jeho výpovědi byl Oliva odsouzen na tři roky ve věžení, Badal se po několikaměsíčních výsleších zhroutil a skončil v nemocnici. Olivovi se později omluvil.
V letech 1996 - 2003 působil jako šéfredaktor Katolického týdeníku. Poté byl šest let místopředsedou Rady České televize a od roku 2010 také členem Rady Českého rozhlasu.
