Stál v čele Historického ústavu Akademii věd ČR, byl předsedou Učené společnosti České republiky, založil a vedl Centrum medievistických studií zaměřené na výzkum středověku a podporu doktorských studií.

Byl nositelem řady prestižních ocenění, přednášel na univerzitách v Česku i v zahraničí. Šmahelovy knihy a studie o dějinách lucemburského období, husitství, Karlovy univerzity, středověké filozofie či humanismu byly přeloženy do mnoha jazyků.

František Šmahel se narodil v roce 1934 v Trhové Kamenici na Chrudimsku. Po maturitě na chrudimském gymnáziu v roce 1953 nedostal doporučení ke studiu na Filozofické fakultě Univerzity Karlovy v Praze. Nastoupil proto dobrovolně na rok do ostravsko-karvinských dolů, teprve poté mohl začít studovat. Jako čerstvý absolvent historie získal místo v litvínovském muzeu. V roce 1964 nastoupil do Historického ústavu Akademie věd, kde se začal věnovat husitství. V době normalizace ale o místo z politických důvodů přišel a několik let se živil jako řidič tramvaje, stále si ale zachovával kontakt s oborem.

V 80. letech pracoval v Museu husitského revolučního hnutí v Táboře. Po revoluci se stal ředitelem obnoveného Historického ústavu Akademie věd, v roce 1998 založil a poté vedl respektované Centrum medievistickych studií jako společné pracoviště Univerzity Karlovy a Akademie věd.

Šmahel byl nositelem státního vyznamenání Za zásluhy za vynikající vědecké výsledky. V roce 2013 získal prestižní Národní cenu vlády Česká hlava a v roce 2017 cenu Neuron za přínos světové vědě. Loni v listopadu převzal čestné občanství Prahy.