Agrofert tvoří hlavní Babišův byznys a je v něm přes 230 firem. Přes skupinu SynBiol pak ovládá svůj zdravotnický byznys a soukromé podniky Čapí hnízdo či francouzskou restauraci Paloma.
Zpřísnění zákona o střetu zájmů Babiše přinutilo, aby před dvěma lety převedl Agrofert i SynBiol do svěřenských fondů. Tyto fondy nejsou právnické osoby, mají sloužit ke správě vloženého majetku.
Babiš tvrdí, že na své bývalé podniky nyní nemá vliv. Za správce obou fondů však vybral své blízké spolupracovníky z Agrofertu, vedoucího manažera Zbyňka Průšu a právníka Alexeje Bílka. U obou svěřenských fondů je Babiš navíc tzv. obmyšleným, tedy tím, kdo z nich může mít podle zákona užitek.