Policejní prezident je stíhán za to, že v červenci přerušil akci policejní inspekce vůči svědkům v případech, které vyšetřuje NAKA. Dva ze zmíněných svědků, které policejní inspekce obvinila kromě jiného z křivé výpovědi, uprchli. Jednoho z nich mezitím zadrželi příslušníci NAKA, další podle médií požádal o azyl v Chorvatsku. Kovaříka se zastal slovenský ministr vnitra Roman Mikulec
"S obviněním absolutně nesouhlasím. Vypovídal jsem a podal stížnost a námitku předpojatosti vůči všem prokurátorům krajské prokuratury Bratislava. Celou věc vnímám jako pokračování tlaku na policii kvůli vyšetřování velkých případů na NAKA," napsal Kovářík v prohlášení, které poskytlo policejní prezidium.
Kovařík dříve tvrdil, že vyšetřovatelka policejní inspekce porušila při zmíněném zásahu interní předpisy a k akci neměla příslušné povolení. Šéf inspekce ji kvůli tomu už dříve postavil mimo službu.
Do čela slovenské policie Kovařík přišel loni v září. Vystřídal Milana Lučanského, který na funkci policejního prezidenta rezignoval čtyři měsíce po loňských volbách. Lučanský byl později obviněn z korupce, v prosinci pak zemřel po pokusu o sebevraždu ve vazbě. Při vyšetřování různých kauz policie dříve obvinila i Lučanského předchůdce ve funkci policejního prezidenta Tibora Gašpara.
Slovenská média i v souvislosti se zmíněným případem policejní inspekce a postupem prokuratury psala o válce v bezpečnostních složkách. Jejím důvodem má být kromě jiného stíhání několika desítek bývalých vysokých úředníků, podnikatelů či představitelů různých institucí z období, kdy byli u moci sociální demokraté (Směr-SD) expremiéra Roberta Fica. Jeho strana skončila po předchozím dlouholetém vládnutí po posledních volbách v opozici.
Někteří ze stíhaných v citlivých kauzách se mezitím přiznali a začali spolupracovat s policií. Jejich věrohodnost Fico dlouhodobě zpochybňuje a jeho strana se pokusí odvolat ministra vnitra Mikulce ve sněmovně. Výhrady vůči Mikulcovi netajili i někteří představitelé vládního hnutí Jsme rodina, které dříve dosadilo do čela civilní tajné služby SIS Vladimíra Pčolinského. Ten je vazebně stíhán kvůli korupci a po obvinění přišel o funkci ředitele SIS.