Milan Balabán se narodil roku 1929 v Boratíně na území dnešní Ukrajiny. Po vystudování Evangelické teologické fakulty působil jako duchovní postupně v Šenově u Ostravy, Strmilově, Semtěši a v pražském Radotíně.

Od padesátých let patřil k čelným představitelům teologického proudu Nová orientace, jehož členové vyjadřovali kritický pohled na společenské poměry v tehdejším socialistickém Československu. V roce 1975 mu komunisté odebrali státní souhlas k výkonu duchovenské činnosti. Balabán později podepsal Chartu 77.

Od roku 1990 působil jako religionista na Univerzitě Karlově v Praze. Mezi žáky byl známý pro své humorné a rétoricky zajímavé vystupování. V roce 2002 obdržel od prezidenta Václava Havla Medaili Za zásluhy a o jedenáct let později také získal od ministra obrany Vlastimila Picka osvědčení o třetím odboji.