V koncernu Agrofert mají dotace stěžejní roli. Jen v roce 2017 získaly společnosti patřící do skupiny dotace za více než 2 miliardy korun. Pro srovnání - za uvedený rok Agrofert vykázal konsolidovaný zisk 4,8 miliardy korun.
Podezření z Babišova střetu zájmů, který nyní prověřuje Evropská komise, se týká investičních dotací. Těch Agrofert v roce 2017 čerpal 607 milionů korun. Brusel se konkrétně zaměřil na peníze, které Agrofert získal od roku 2013 z Evropských strukturálních a investičních fondů.
Pravidla čerpání z těchto fondů řídí tzv. Národní orgán pro koordinaci, fungující pod ministerstvem pro místní rozvoj. Samotné schvalování žádostí a rozdělování dotací spadá pod jednotlivá ministerstva podle daných operačních programů.
Jako premiér sice Babiš nemá bezprostřední dosah na rozdělování dotací jednotlivým podnikům, může však například ovlivnit, na které oblasti se peníze z EU nakonec použijí. Do loňského roku Babiš vedl Radu pro Evropské strukturální a investiční fondy (ESIF). Tento poradní orgán vlády hodnotí stav čerpání jednotlivých operačních programů a koordinuje přípravu Dohody o partnerství, zastřešujícího dokumentu pro čerpání finančních prostředků z Evropských strukturálních a investičních fondů. Kromě předsedy vlády jsou členy rady ministři, jejichž resorty si rozdělují fondy, a pražský primátor. Poté, co eurokomisař Günther Oettinger v prosinci Babišovi doporučil, aby se některým ze tří způsobů zcela vzdal svého možného vlivu na Agrofert, premiér oznámil, že se nebude jednání Rady ESIF účastnit. Do té doby Babiš zasedání rady řídil, loni v červenci například ministrům přikázal, aby sledovali podrobněji tok peněz z fondů, a zasazoval se za to, aby Česko dohodlo s Bruselem převedení zdrojů na jiné programy, než bylo původně ujednáno.
Dne 25. května 2015 se v Praze uskutečnila schůzka k čerpání dotací z Operačního programu Podnikání a inovace (OPPIK). Místo schůzky bylo neobvyklé, poslanecký klub hnutí ANO. Jak se následně potvrdilo, jednání zařídil šéf poslaneckého klubu ANO, první místopředseda hnutí a dlouholetý Babišův spolupracovník Jaroslav Faltýnek. Tématem jednání bylo zvýšení stropu čerpání pro velké firmy. Ty požadovaly, aby z programu dostaly přiděleno 40 procent peněz místo 20 procent, jak původně stanovila EU. Přítomni byli zástupci asi dvaceti sdružení, asociací, ministerstev, ale i manažeři z firem jako ČEZ nebo Agrofert. Místopředseda představenstva koncernu Petr Cingr poté poslal náměstkovi ministerstva průmyslu Tomášovi Novotnému dopis, v němž se jako prezident Svazu chemického průmyslu přimlouval za zdvojnásobení limitu čerpání pro velké firmy. Ministerstvo souhlasilo, zdůraznilo ovšem, že se zvýšení týkalo pouze tzv. prvních výzev, za celé programové období 2014–2020 zůstal limit 20 procent pro velké firmy dodržen.
První místopředseda hnutí ANO Faltýnek byl do roku 2016 také členem dozorčí rady Státního zemědělského intervenčního fondu (SZIF). Tato platební agentura je pro Agrofert stěžejní institucí, protože proplácí přímé zemědělské dotace nebo peníze z Evropského zemědělského fondu na rozvoj venkova. Ve stejnou dobu byl Faltýnek zároveň členem představenstva Agrofertu. Evropská komise v roce 2017 rozhodla, že se Faltýnek dostal do střetu zájmů a vyměřila kvůli tomu SZIF sankci 22 milionů korun. České straně se ale podařilo Brusel přesvědčit, že jako pouhý člen dozorčí rady SZIF Faltýnek nemohl mít vliv na rozdělování peněz. Faltýnka vystřídal v dozorčí radě agentury poslanec hnutí ANO Josef Kott, který před nástupem do parlamentu také pracoval v Agrofertu.
Česko se v Bruselu dlouhodobě staví proti návrhům, aby byly u přímých dotací upřednostňovány menší farmy. Babišova vláda nesouhlasila s návrhy, aby se pro velké agrokombináty stanovily dotační limity, ani se snižováním platby podle velikosti podniku. Největší zemědělskou firmou a zároveň největším příjemcem zemědělských dotací v Česku je přitom skupina Agrofert, která podle svého webu obhospodařuje více než 100 tisíc hektarů polí. Agrofert prosazuje neomezené dotace s dalšími velkými zemědělskými podniky, v lobbování se opírají hlavně o Agrární komoru. V Poslanecké sněmovně mohou spoléhat na hnutí ANO, zemědělský výbor vede bývalý manažer Agrofertu Faltýnek. Mnozí odborníci na zemědělství a životní prostředí přitom zdůrazňují, že strukturu dotací je třeba změnit ve prospěch ekologicky hospodařících farmářů.
Agrofert tvoří hlavní Babišův byznys a je v něm přes 230 firem. Přes skupinu SynBiol pak ovládá svůj zdravotnický byznys a soukromé podniky Čapí hnízdo či francouzskou restauraci Paloma.
Zpřísnění zákona o střetu zájmů Babiše přinutilo, aby před dvěma lety převedl Agrofert i SynBiol do svěřenských fondů. Tyto fondy nejsou právnické osoby, mají sloužit ke správě vloženého majetku.
Babiš tvrdí, že na své bývalé podniky nyní nemá vliv. Za správce obou fondů však vybral své blízké spolupracovníky z Agrofertu, vedoucího manažera Zbyňka Průšu a právníka Alexeje Bílka. U obou svěřenských fondů je Babiš navíc tzv. obmyšleným, tedy tím, kdo z nich může mít podle zákona užitek.
MAFRA Synthesia Kostelecké uzeniny Vodňanská drůbež Óčko Londa Lovochemie Penam a dalších přibližně 230 firem
Hartenberg Holding (podíl v Astratexu, Poliklinice Modřany, Gennet, Good Food Products a řada dalších firem většinou mimo hlavní obory Babišova byznysu) IMOBA (Čapí hnízdo, restaurace Paloma, Vila Resto Průhonice, Anděl Media Centrum a řada dalších nemovitostí a areálů)