Vyplývá to ze závěrů Nejvyššího kontrolního úřadu. Příslušné zákony totiž neumožňovaly a neumožňují, aby státní podporu poskytoval podnikatelský subjekt, přesto, že ho založil stát.

Podle NKÚ totiž nepodniká v zemědělství nebo agropotravinářském odvětví, kam jsou dotace určeny zákonem o státním rozpočtu.  Do konce roku 2004 ze státního rozpočtu získal fond více jak dvacet tři miliard korun.

Kontroloři také zjistili, že po celou dobu existence fondu činí problém vymezit předmět jeho činnosti. "Činnost, kterou fond zabezpečoval, neodpovídala vždy a ani v současné době neodpovídá zápisu v obchodním rejstříku," uvedli kontroloři.

Ministerstvo také do roku 2001 nepožadovalo a fond ani nepředkládal podklady pro zúčtování uvolněných peněz se státním rozpočtem. Ministerstvo potom vykazovalo peníze převedené na fond jako spotřebované. Fond měl přitom ke konci roku 2001 k dispozici 2,7 miliardy korun z dřívějších let.

Na základě rozhodnutí ministerstva zemědělství je potom použil k vytvoření Fondu kapitálového dovybavení. "Peníze nevrátil do státního rozpočtu, jak mu ukládal zákon o rozpočtových pravidlech," uvedl ve zprávě Nejvyšší kontrolní úřad.

Jediným akcionářem fondu je ministerstvo zemědělství, které fond v roce 1993 založilo. Ministerstvo na základě předchozí kontroly a následných analýz začalo připravovat přeměnu fondu z akciové společnosti na státní fond, ale od tohoto záměru upustilo. Dospělo k závěru, že fond může být v souladu se zákonnou úpravou platnou od roku 2001 považován za konečného příjemce dotací.

Ministr zemědělství Jan Mládek uvedl, že založení fondu jako akciové společnosti bylo chybou, ale podle něj šlo kompromis mezi někdejším ministrem zemědělství Josefem Luxem a ministerským předsedou Václavem Klausem. Podle Mládka prověří hospodaření fondu forézní audit, změnit zákon ale musí až nová vláda.