Na jaře 2002 se také údajně podílel na pokusu o privatizaci Nemocnice Na Homolce. Její ředitel Oldřich Šubrt podle LN s podporou tehdejšího prezidenta ČLK Davida Ratha přišel s projektem převodu nemocnice do soukromé zdravotnické společnosti. Pohanka dohadoval tuto transakci za ministerstvo, později se ukázalo, že byl v té době sám veden jako zaměstnanec nemocnice. Projekt byl nakonec zrušen.
Pohanka se podle tisku zapsal i do kauzy Diag Human. V době, kdy Česko čelilo hrozbě arbitráže za údajné znevážení jména firmy, podepsal v srpnu 2000 za ministerstvo dopis s nabídkou smíru. Dopis pak rozhodčí senát označil za přiznání viny a na základě jeho rozhodnutí firma dostala počátkem roku 2003 od státu 327 milionů korun odškodného.
Před Fišerovým odchodem z úřadu Pohanka získal místo ředitele státní Fakultní nemocnice u sv. Anny v Brně. Za dobu jeho působení se zařízení stalo jedním z nejzadluženějších v zemi. Loni si Pohanku na úřad opět přivedl tehdejší ministr zdravotnictví Rath
(ČSSD). Jako náměstek pak podle tisku prosazoval stavbu specializovaného centra v nemocnici u sv. Anny. Projekt má stát dvě miliardy korun, ministerstvo ho nyní reviduje kvůli podezření, že je předražený.
Pohankovo jméno také padlo nedávno v souvislosti se skupinou kolem starosty Budišova Ladislava Péti, která je podezřelá z finančních machinací s penězi z fondů EU a z vydírání. Péťa se v reportáži televize Nova zmínil o možné vazbě na centrum v nemocnici u sv. Anny a jmenoval právě Pohanku. Pohanka jakoukoli spojitost s Péťou a jeho společníky popírá.
