V roce 1990 byly na území Česka pouze tři ekologicky hospodařící farmy. Dnes jich je na čtyři a půl tisíce. Nárůst jejich počtu byl patrný zejména po vstupu do EU, kdy čeští farmáři mohli v rámci Společné zemědělské politiky (CAP) začít využívat dotace z Bruselu. V podílu ekologicky hospodařících subjektů zaujímá Česko v EU druhé místo hned po Rakousku. Co se týče podílu ekologicky obhospodařované zemědělské půdy, patří ČR pátá pozice. Ve statistikách tak země poráží i průkopníky ekozemědělství ze západní Evropy. Poněkud překvapivý fakt má jednoduchou příčinu: hlavními oblastmi ekozemědělství jsou tradičně méně příznivé horské a podhorské oblasti a většinu z nich tvoří nenáročné pastviny.
Živočišná výroba
Celkový objem živočišné produkce v Česku po roce 1989 vytrvale klesal a zastavil se po vstupu ČR do EU a definitivně až kolem roku 2010. Velký nárůst ovšem zaznamenal chov skotu, prasat a ovcí v rámci ekologického zemědělství, dotovaného z eurofondů. V Jihočeském, Plzeňském, Karlovarském a Moravskoslezském kraji je dnes více než polovina hovězího dobytka chována na ekofarmách.
V roce 2017 bylo na českých ekofarmách chováno 260 tisíc kusů skotu (o něco více než jedna šestina celkového stavu hovězího dobytka v ČR), 100 tisíc ovcí (téměř polovina celkového stavu), avšak jen 45 tisíc kusů drůbeže (0,2 procenta celkového počtu).