Aiwanger, který vedle vicepremiérského křesla vede také bavorské ministerstvo hospodářství, je jediným členem Söderova kabinetu, který se zatím odmítá očkovat proti covidu-19. Nepřesvědčily ho ani Söderovy opakované výzvy, aby se nechali v zemské vládě naočkovat i ti, kteří ještě nejsou o imunizaci přesvědčeni.
"Snad bys sám mohl říct něco k tomu, proč se nechceš nechat očkovat," řekl v květnu před novináři Aiwangerovi Söder. Vicepremiér od té doby opakovaně varuje před rozdělováním společnosti a činěním nátlaku na neočkované. Vzájemné výpady od té doby pokračovaly, skutečnou rozbuškou se ale stal v uplynulém týdnu rozhovor, který Aiwanger poskytl rozhlasové stanici Deutschlandfunk.
Vicepremiér v něm zopakoval, že není o očkování stále přesvědčen, a to i kvůli řadě vedlejších účinků, které ve svém okolí pozoruje. "Injekce pro všechny nemůže být řešením," uvedl s tím, že ochrana po vakcinaci možná postupně zeslábne, takže se "očkovaní svou bezstarostností stanou hrozbou pro ostatní".
Hned po rozhovoru označili kritici Aiwangera za šiřitele dezinformací a lží. Sám Söder pak v rozhovoru s magazínem Der Spiegel řekl, že vicepremiér se vyjadřuje jako krajně pravicové skupiny či hnutí Querdenker (jinak smýšlející), které odmítá protipandemická opatření a které závažnost nemoci zpochybňuje. V neděli v televizi ZDF zase prohlásil, že Aiwangerova slova připomínají rétoriku Alice Weidelové, která je spolušéfkou poslanecké frakce Alternativy pro Německo (AfD) v německém parlamentu. AfD, která se proti epidemickým nařízením vymezuje, je označována jako populistická až krajně pravicová.
Aiwanger následně vytáhl do protiútoku a v dalších rozhovorech mimo jiné s německou tiskovou agenturou DPA odmítl, že by účinnost očkování zpochybňoval. Řekl také, že je nestydaté, pokud je spojován s Querdenker. V listu Donaukurier pak prohlásil, že Söder se chová zlomyslně, když mu podsouvá, že je odmítačem očkování.
Do sporu se mezitím vložili další bavorští političtí činitelé. Bavorský ministr zdravotnictví Klaus Holetschek (CSU) uvedl, že Aiwangerova vyjádření jsou fatální a že by si přál, aby vicepremiér promýšlel, co říká a co neříká. Dodal, že některá vyjádření jeho kolegy odporují zemské kampani na podporu očkování. Šéf poslanecké frakce CSU v bavorském sněmu Thomas Kreuzer naznačil Aiwangerovi, že by se měl vzdát vicepremiérského křesla. "Musí si rozmyslet, zda může zůstat zástupcem premiéra," řekl mnichovskému listu Münchner Merkur.
I přes vyhrocenou situaci se Aiwanger neobává, že se rozpadne koalice CSU a FW, která v Bavorsku vládne od zemských voleb v roce 2018. "To by poškodilo až do morku kostí samotnou CSU, která může být šťastná, že má ve Svobodných voličích tak slušného a čestného koaličního partnera," řekl.
O krachu bavorské koalice média sice spekulují, za pravděpodobnější variantu ale považují, že stávající zemská vláda u moci zůstane. To vyplývá i z vyjádření obou stran, které shodně označují vládní spolupráci za dobře fungující. Televize ARD již informovala o snahách v pozadí situaci uklidnit, neboť se CSU obává, že z roztržky by mohla těžit AfD a liberálové z FDP. Taková hrozba je podle komentátorů pro Södera mnohem vážnější než možnost, že se někteří voliči v Bavorsku místo k CSU přikloní k názorově blízkým Svobodným voličům. Bavorský premiér totiž chce, aby po zářijových parlamentních volbách Německo nadále vedla konzervativní unie CDU/CSU a ne vláda pod taktovkou Zelených.
