Stanice Praha-Zahradní Město vznikla na nové traťové přeložce, kterou Správa železnic vybudovala v rámci modernizace pražské železnice mezi hlavním nádražím a Hostivaří. Vlaky zde nyní jezdí po rozšířené čtyřkolejné trati s rychlostí až 120 km/h, trať je navíc o 232 metrů kratší než dřív. Tím by se podle správy měla snížit jízdní doba vlaků na trati.
Nová stanice je v místě křížení s rozšířenou Průběžnou ulicí. Tvoří ji dvě ostrovní a jedno vnější nástupiště, ke kterým vedou schody a výtahy. Ty propojují celý terminál, jehož součástí jsou i zastávky tramvají a autobusů v podchodu. Na novém nádraží budou zatím zastavovat osobní vlaky linky S9 a spěšné vlaky linky R49, od prosince také rychlíky linky R17.
Stanice je součástí kompletní rekonstrukce koridoru. V rámci toho byla kompletně zrekonstruována stanice Praha-Vršovice, která byla rozšířena o čtvrté nástupiště a také podchod směrem k Nuslím. Ve stanicích vzniklo také nové zabezpečovací zařízení. Dále na trati byla v závěru loňského roku otevřena nová zastávka Eden. Celý projekt modernizace části pražské železnice stál 5,3 miliardy korun, většinu nákladů pokryly peníze z evropských fondů.
Další nově otevřenou stavbou na pražské železnici je prodloužený podchod na hlavním nádraží, který propojuje centrum metropole se Žižkovem. Stavba trvala zhruba 16 měsíců a stála 219,5 milionu korun. Na podchod navazuje pěší trasa, která ústí do Seifertovy ulice a je přímo napojená na komerční centrum Churchill Square.
Ministr dopravy Karel Havlíček při otevření podchodu připomněl, že stavba výrazně usnadní přechod obyvatelům Žižkova a Vinohrad. "Před osmi lety spočítala skupinka vysokoškoláků, že za jednu pracovní směnu přeběhne přes koleje asi 1200 lidí. Teď už lidé nebudou mít důvod takhle nebepečně hazardovat," řekl ministr.
Na pražském hlavním nádraží také pokračuje rekonstrukce secesní Fantovy budovy. Brzy by měla být dokončena renovace fasády, na kterou navazuje oprava vnitřních prostor. Ta začala letos. Správa chce také v říjnu představit další projekty na připravované trati na letiště.