Kontrolu zadal bývalý ministr zdravotnictví Jan Blatný, který měl podle deníku pochybnosti, zda nemocnice hospodaří dobře. Kontrola měla prověřit hospodaření s veřejnými penězi a zjistit, zda nemocnice již nenakupuje léky za stamiliony bez výběrového řízení, jak zjistila kontrola v roce 2018.
Ministrem zdravotnictví se ale místo Blatného stal začátkem dubna Arenberger. "Ze své pozice tak začal prověřovat nemocnici, kterou sám řídí," píše Deník N. Ministerští úředníci podle něj kontrolovali jen podklady, které jim nemocnice poskytla.
"Protokol o kontrole obsahuje zjištění vycházející z posouzení dokumentů a informací, které byly kontrolní skupině poskytnuty kontrolovanou osobou v průběhu kontroly… Kontrolní skupina při výsledku následné veřejnosprávní kontroly hospodaření ve FN prověřila soulad vybraného vzorku operací s právními předpisy a uzavřenými smlouvami," cituje Deník N z protokolu. Kontroloři podle něj obecně upozorňují na možná rizika šití zakázek na míru, ale na závěr konstatují, že nemocnice postupovala podle zákona.
Arenbergera jmenoval do funkce ředitele v roce 2019 nynější staronový ministr Adam Vojtěch (za ANO), který jeho předchůdce kritizoval za netransparentní nákup léků a zdravotnického materiálu. Předchozí vedení v čele s ředitelem Josefem Grillem zadalo zakázky za 200 milionů korun bez výběrového řízení.