Poslaneckou kariéru v TOP 09 zhatila policie
Michalikovo kyperské podnikání spadá do jeho politické kariéry. Starostou Dolních Břežan se stal 1. října 2004, v obecním zastupitelstvu zasedl už o dva roky dříve. Tehdy tam pronikl na kandidátce Sdružení nezávislých kandidátů Rozkvět, za které coby nezávislý kandidoval i v roce 2006. Od roku 2010 se na listině hnutí objevoval coby nominant STAN, jejichž členem se stal roku 2013.
Později začal rozvíjet i svou regionální politickou kariéru. Poprvé se o ni pokusil roku 2008, tehdy však skončil před branou do zastupitelstva Středočeského kraje jako první náhradník. Pronikl tam až ve volbách roku 2012. V letech 2016 až 2017 byl radním kraje, po loňských komunálních volbách působí jako náměstek středočeské hejtmanky Petry Peckové (za STAN).
Členem předsednictva hnutí Starostů a nezávislých je od března 2014, v současnosti je místopředsedou STAN. V minulosti se však chtěl dostat do celostátní politiky za jinou stranu. V roce 2010 se ucházel o zvolení do Poslanecké sněmovny na středočeské kandidátce TOP 09, která tehdy usilovala o vstup do dolní komory parlamentu poprvé ve své historii.
Z kandidátky však musel odejít. Deník Aktuálně.cz tehdy upozornil, že Michalika prověřuje protikorupční policie pro podezření z daňového úniku ve výši 50 milionů korun. Mělo k němu dojít při transakci mezi jeho poradenskou firmou a ČSOB. Policie nakonec kauzu bez obvinění odložila. "Kdyby policie vyšetřovala po právu, a ne na politické zadání, musela by dávno dospět k tomu, že jsem se ničeho nedopustil," uvedl.