Práci BIS opakovaně kritizuje prezident Miloš Zeman, ve středu předal premiérovi Andreji Babišovi (ANO) materiál, který podle prezidenta ukazuje, že Koudelka není dobrý manažer. BIS ve svých výročních zprávách opakovaně upozorňuje na aktivity především čínských a ruských špionů v Česku.
Koudelka v rozhovoru pro Deník N uvedl, že jednou z hrozeb, kterým BIS čelí, je podkopávání důvěry v její práci. "Získáváme v poslední době řadu informací o tom, že se proti službě připravuje diskreditační kampaň. To je bohužel realita, ve které musíme žít," řekl. Čeho se má kampaň týkat, nechtěl konkrétněji uvést. "Tyto aktivity souvisejí s naší činností, která některým skupinám velmi komplikuje plány," doplnil jen.
Kontrarozvědku i jeho samotného se podle Koudelky snaží znevěrohodnit a oslabit ti, kteří se její činnosti obávají. "To se děje a dít bude, protože se v naší zemi hraje o hodně. Proto si nesmírně vážím podpory, kterou naší službě i mně samému opakovaně dává premiér i představitelé všech demokratických stran ve Sněmovně i Senátu," podotkl. "Nikomu nepolíbím prsten a to už doufám všichni pochopili. Věřím v pravdu a právo, věřím v tuto zemi," dodal.
Zeman už pětkrát odmítl vládní návrh na jmenování Koudelky do generálské hodnosti. Materiál, který prezident předal Babišovi, má jeho postoj zdůvodňovat. Koudelka by měl podle Zemana ve funkci skončit. Koudelkův pětiletý mandát končí příští rok v srpnu, BIS chce vést i nadále. "Pokud bude mít premiér příští rok o mé služby zájem a já budu mít co nabídnout, rád bych pokračoval," řekl Deníku N.
Zeman v rozhovoru pro Parlamentní listy potvrdil, že materiál o Koudelkovi vypracoval bývalý šéf analytiky BIS Jiří Rom, který před pěti lety patřil mezi kandidáty na šéfa kontrarozvědky. Babiš po středeční schůzce s prezidentem řekl, že se s informacemi seznámil a "v nějakém režimu" je postoupil členům vlády. "Zaznamenal jsem dopis prezidenta, který obdržel pan premiér. O ničem jiném, nějakém materiálu, nevím," uvedl ve čtvrtek na ministr zahraničí Tomáš Petříček (ČSSD).