Jedním z důvodů, proč jaderná ponorka budí takový respekt, je její výzbroj. Podvodní plavidlo USS Annapolis disponuje celkem 12 raketami s vertikálním startem, které mohou (a pravděpodobně i jsou) být vybavené jadernými hlavicemi. Mezi další výzbroj ponorky patří torpéda, která je ponorka připravena vypálit ze čtyř komor. Na fotografii jeden z námořníků manipuluje s torpédem typu Mark 48 ADCAP.
