Když po převratných událostech v Československu v roce 1989 dostal papež Jan Pavel II. od prezidenta Václava Havla pozvání k návštěvě, uslyšel v něm prý "hlas, který jsme všichni společně již dlouho očekávali". První návštěva hlavy katolické církve v historii, ve dnech 21. a 22. dubna 1990, byla svátkem pro věřící. Papež zavítal do země, v níž byla církev po 40 let jednou z nejperzekvovanějších ve východní Evropě.
"Nevím, zda vím, co je to zázrak. Přesto se odvažuji říct, že jsem v tomto okamžiku účastníkem zázraku. Do země zdevastované ideologií nenávisti, přijíždí posel lásky. Mám tu čest být svědkem okamžiku, kdy její půdu líbá apoštol duchovnosti," prohlásil tehdejší prezident Václav Havel po příletu papeže do Prahy.
"Vítám Vás, Svatý otče, mezi námi hříšníky," uvedl papeže Havel. Jan Pavel II. nejdříve zamířil na symbolické místo - do chrámu svatého Víta na Pražském hradě, kde se setkal s církevními představiteli i tělesně postiženými. Jeho mše na pražské Letné, během níž pronesl kázání v češtině, se zúčastnily statisíce lidí.
"Věřící z Čech, Moravy a Slovenska mají v Římě pastýře, který rozumí jejich řeči. Rozumí i jejich mlčení. V době, kdy byla církev této země umlčena, považoval jsem za součást svého poslání být jejími ústy. Nyní je mým hlavním posláním vůči místní církvi to, co Ježíš svěřil Petrovi, posilovat své bratry," pozdravil papež Jan Pavel II. věřící.
Následující den se Jan Pavel II. přesunul na Moravu. Na jeho mši na Velehradě se přijelo podívat asi 350 tisíc poutníků - byli to nejen Češi a Slováci, ale také Poláci, Rakušané i věřící z dalších zemí. Papež sloužil bohoslužbu také bratislavském letišti Vajnory.
Na návštěvu čekal 11 let
Pouť Jana Pavla II. (1920-2005) se v roce 1990 stala symbolem změn, kterými tento region v oblasti náboženských svobod a vztahu mezi církvemi a státem procházel. Konkrétně mezi Prahou a Vatikánem byly kontakty po celé poválečné období nejhorší ve srovnání s ostatními východoevropskými zeměmi. Posun přišel až těsně před papežovou návštěvou, kdy se Československo stalo čtvrtým státem Varšavské smlouvy, který obnovil vztahy se Svatým stolcem.
Návštěvu věřícím Jan Pavel II. sliboval již v roce 1979, kdy pobýval ve svém rodném Polsku. Tehdy to ale nebylo možné - komunistický režim papež přirovnal k náhrobnímu kamenu, který hermeticky uzavíral přístup k církvi v Čechách i na Slovensku. Až po 11 letech mohl svůj slib splnit a přijet do druhé exkomunistické země východního bloku. Svůj dík chtěl vyjádřit také českému primasi kardinálovi Františku Tomáškovi za jeho činnost v totalitě.
O pět let později, v květnu 1995, se Jan Pavel II. do již samostatného Česka vrátil. Důvodem byla kanonizace dvou světců - Jana Sarkandra a Zdislavy z Lemberka. Proti jejich svatořečení tehdy protestovali čeští evangelíci. Papež se setkal s představiteli nekatolických církví, které vyzval k posílení křesťanské jednoty. Jménem všech katolíků také poprosil za odpuštění křivd spáchaných na nekatolících. Prohlásil také, že katolická církev odpouští všechno zlé, co vytrpěli katolíci.
Při příležitosti výročí tisíce let od smrti svatého Vojtěcha přicestoval Svatý otec v dubnu 1997 potřetí. Vyzval k dialogu státu s církví o způsobu restituce zkonfiskovaného majetku. Kromě Prahy zajel také do Hradce Králové, kde se na mši setkal s katolickou mládeží.
Také Slovensko, druhý ze dvou nástupnických států, Jan Pavel II. několikrát navštívil. V červenci 1995 zde kanonizoval tři košické mučedníky, kteří zahynuli rukama protestantů v 17. století. V září 2003 se vrátil, aby blahoslavil bývalého řecko-katolického biskupa Vasiľa Hopka a řeholní sestru Zdenku Schelingovou. Ačkoli tehdy třiaosmdesátiletý papež nevynechal nic ze svého programu, jeho pobyt byl už poznamenán zhoršujícím se zdravím.
Jana Pavla II., který zemřel v roce 2005, v pozici hlavy katolické církve nahradil Benedikt XVI. Ten do Česka přijel v září 2009. Během třídenní návštěvy se pomodlil u pražského Jezulátka, sloužil mše v Brně a ve Staré Boleslavi, kde uctil památku svatého Václava. Současný papež František dosud Česko nenavštívil.