Kněz Toufar se stal nejspíše nejznámější obětí poúnorového komunistického tažení proti církvi. Zemřel v únoru 1950 po krutém mučení ve vazbě. Farář z obce Číhošť na Havlíčkobrodsku se do soukolí StB dostal poté, co se v prosinci 1949 při mši v jeho kostele údajně několikrát pohnul kříž na hlavním oltáři. Dodnes neobjasněný úkaz se prý později opakoval.
"Josef Toufar je účasten soudní rehabilitace. Byl nezákonně zbaven osobní svobody minimálně od 28. ledna do 25. února 1950," konstatoval soudce Miroslav Mjartan. Protože státní zástupce i Toufarův advokát Lubomír Müller se vzdali práva na stížnost, je verdikt soudu pravomocný.
Toufarova rehabilitace je podle Müllera důležitá proto, že šlo o extrémní situaci, kdy byl Toufar k přiznání nucen mučením. "Dnes byla po právní stránce napravena křivda, která se stala Josefu Toufarovi. Byl morálně očištěn," řekl Müller.
S verdiktem soudu byl spokojen i státní zástupce František Jedlička. "Co bylo z historického hlediska zřejmé, je zřejmé i z hlediska právního," uvedl. Před soudem zdůraznil, že není pochyb o tom, že Toufarovo zatčení a následné vyšetřování bylo v rozporu s tehdy platnými zákony a že byl nezákonně zbaven osobní svobody.
Dnešní rozhodnutí soudu podle Müllera otevřelo možnost rehabilitací dalších lidí, kteří byli v souvislosti s takzvaným číhošťským zázrakem vězněni, například kostelník, děkan, biskup. Odškodnění v Toufarově případu se podle advokáta řešit nebude, protože nikdo k tomu oprávněný již nežije.
"Dostal vyznamenání, ale právně to nikdo neřešil"
Iniciátorem podnětu k Toufarově soudní rehabilitaci byl zakladatel brněnského Muzea českého a slovenského exilu 20. století Jan Kratochvíl. Podnět státnímu zastupitelství zpracoval advokát Lubomír Müller, který se zabývá rehabilitacemi lidí utlačovaných komunistickým režimem. Protože Toufar neměl žádné potomky či sourozence, kteří by mohli návrh soudu podat, učinil tak jako oprávněná osoba státní zástupce.
Protože Toufar při vyšetřování zemřel a soudní proces se s ním nekonal, nebyla dosud právně vyřešena otázka jeho soudní rehabilitace podle zákona číslo 119/1990. "Dávají se (mu) vyznamenání a stavějí sochy, ale právní vyřešení věci zatím nikdo neřešil," řekl Müller. Zahájení procesu Toufarova blahořečení je podle něj interní věcí církve a není právním očištěním Toufara z hlediska světského práva. V roce 2014 prezident Miloš Zeman udělil Toufarovi in memoriam medaili Za zásluhy.
Komunisté se rozhodli využít událostí takzvaného číhošťského zázraku k diskreditaci církve, v níž spatřovali překážku na cestě ke kolektivizaci venkova. StB v lednu 1950 Toufara zatkla a poté se ho snažila ve valdické věznici na Jičínsku přinutit k přiznání, že pohyb kříže zinscenoval. O údajném spiknutí nechal režim také natočit propagandistický film. StB v dokumentu představila údajný kladkostroj, jak se ale později ukázalo, žádný z mechanismů buď nemohl fungovat, nebo by byl na oltáři jasně viditelný. StB využila kauzu také k procesu s církevními představiteli.
Po roce 1989 byl za podíl na fyzickém týrání kněze Toufara odsouzen vedoucí tehdejší vyšetřovací skupiny StB zaměřené na takzvaný číhošťský zázrak Ladislav Mácha. V listopadu 1999 tehdy sedmasedmdesátiletého někdejšího příslušníka StB pražský městský soud poslal s konečnou platností na dva roky do vězení. Po několika odkladech kvůli zdravotnímu stavu nastoupil do vězení až v lednu 2002, po roce byl po odpykání poloviny trestu podmíněně propuštěn.