Li se stal čínským premiérem v březnu 1988. V době rozporu ve vedení Komunistické strany Číny patřil ke konzervativnímu křídlu, které sice připouštělo ekonomické reformy, ale kategoricky odmítalo politické změny.
Mladí Číňané v roce 1989 žádali zlepšení ekonomické situace a možnost svobodněji se vyjadřovat. Protesty vyprovokovala smrt bývalého generálního tajemníka Komunistické strany Číny Chu Jao-panga. Ten usiloval o hospodářské reformy a uvolnění cenzury, ale v roce 1987 byl od moci odstaven svými vnitrostranickými soupeři, k nimž patřil právě Li Pcheng.
Po dlouhotrvajících protestech a demonstracích se sešlo stranické politbyro a nejvlivnější činovníci režimu na klíčovém jednání 2. června. Rozhodli, že protesty už nelze zvládnout jinak než tvrdým zásahem. Na náměstí Nebeského klidu a v přilehlých ulicích zemřelo několik tisíc lidí.
Na silové řešení naléhal právě Li Pcheng, souhlasil s ním i bývalý vůdce a stále největší autorita v zemi Teng Siao-pching. Podle později zveřejněných záznamů ale žádal, aby se armáda snažila vyhnout krveprolití a velkému počtu obětí.
Generální tajemník strany Čao C'-jang tvrdil, že některé požadavky protestujících jsou oprávněné a že by se se studenty měl vést dialog. Na nátlak konzervativní stranické frakce byl odstaven od rozhodování a izolován v domácím vězení.
Domnívali se, že cílem studentů a protestujících je svržení komunistického režimu. V hodnocení demonstrací zaznívala slova o kontrarevoluci, které napomáhají reakční kruhy v USA, Hongkongu a na Tchaj-wanu.
Li premiérem zůstal do roku 1998, ale jeho ambice stát se prezidentem se nenaplnily. Experti na Čínu spekulovali o tom, proč se prezidentem nestal a místo něj si vůdce Teng Siao-pching vybral na začátku 90. let Ťiang Ce-mina, bývalého šéfa strany v Šanghaji. Jedna z teorií tvrdila, že Teng považoval zásah na náměstí Nebeského klidu za zbytečně krvavý a nechtěl, aby hlavou státu byl Li, spojený s touto událostí.
Jako premiér v 90. letech prosazoval výstavbu vodní hráze a elektrárny Tři soutěsky, která je největší na světě. Začala se stavět v roce 1994, v provozu je od roku 2012.
V roce 2010 vydal Li v čínštině knihu svých pamětí, ale událostem roku 1989 v ní věnoval malou pozornost a napsal, že hlavní postavou na straně režimu byl Teng Siao-pching.
