Útok byl naplánován s desetiměsíčním předstihem na Jávě ve městě Solo. O místě útoku se však rozhodlo až v srpnu téhož roku.

12. října 2001 - Explodovaly dvě bomby v turistickém rezortu Katu na pláži ostrova Bali. Jeden zasáhl noční klub Paddy´s Irish Pub, druhý vybuchl v autě zaparkovaném před klubem Sari. Výbuchy si vyžádaly 202 obětí, z toho 88 Australanů. Třetí výbuch poblíž americké ambasády byl bez lidských obětí.

7. listopadu - Indonéská policie zatkla prvního podezřelého, mechanika Amroziho bin Nurhasyima.

21. listopadu - Byl zatčen další klíčový podezřelý Imama Samudru. Policie má za to, že byl hlavním plánovačem útoku na Bali. 

4. prosince - Byl zatčen Amroziho starší bratr Mukhlas známý také jako Ali Gufron poblíž města Solo na Jávě. Policie jej později prohlásila za "duchovního otce" útoků a šéfa operací organizace Jemaah Islamiah.

Druhý mladší Mukhlasův bratr byl za účast na útocích odsouzen k smrti. Podle jeho slov byly útoky původně plánovány na 11. září, výročí teroristických útoků v New Yorku v roce 2001. Kvůli zdržení s výrobou bomb však bylo datum přesunuto na 12. října.
Výrobou byl pověřen Azahari Husin, 43-letý malajský univerzitní profesor, a Dulmatin, 32-letý expert na elektroniku.

Teroristická organizace Džammá Islámija, napojená na Al-Káidu, ovládá síť skupin v Indonésii, Malajsii, Filipínách, Singapuru, a Thajsku. Menší odnože mohou působit také v Kambodži, Vietnamu a Austrálii.