Odpůrci návrhu poukazovali na to, že zrušením povinnosti přimíchávání biosložek do paliv by Česko nesplnilo závazek EU, podle kterého musí používat deset procent energie z obnovitelných zdrojů v dopravě do roku 2020. Dodavatelé pohonných hmot tak musejí nyní přimíchávat povinně alespoň 4,1 procenta biosložky do benzinu a šest procent do nafty.
Autoři návrhu argumentovali tím, že biopaliva první generace se nepodílejí na snižování emisí skleníkových plynů. Ty se naopak uvolňují z použitých hnojiv i ze zemědělské techniky. Navíc na litr biosložky je potřeba až 2500 litrů vody. Pěstováním plodin pro výrobu biosložky v podobě monokultur, mezi něž patří například řepka olejka, se snižuje půdní diverzita.
Podle ministerstva zemědělství by omezení spotřeby biopaliv první generace neznamenalo odklon od pěstování a zpracování řepky olejky, neboť by byla exportována do jiných zemí EU.
Poslankyně ANO Eva Fialová kvůli tomu obvinila zastánce návrhu z demagogie. "Hrajete dobrou hru, ale na špatném hřišti," uvedla k tvrzení Dany Balcarové (piráti), že pěstování řepky a kukuřice škodí půdě a přispívá ke znečištění spodních vod pesticidy.
Exministr zemědělství Marian Jurečka (KDU-ČSL) uvedl, že návrh by měl negativní dopad i na cukrovarnický průmysl, neboť bioetanol se vyrábí i z melasy, která vzniká při zpracování cukrové řepy. Při dalším projednávání návrhu to chtěl napravit.
Radek Holomčík (piráti) podotkl, že cílem předlohy nebylo zakázat biopaliva, ale zastavit znehodnocování zemědělské půdy pěstováním energetických plodin. Poznamenal, že návrh měl omezit používání biopaliv první generace v souladu s plány EU.
Preol z holdingu Agrofert
Jedním z největších zpracovatelů řepkového semene a výrobcem metylesteru, který se přimíchává do bionafty, je společnost Preol z holdingu Agrofert. Vlastníkem Agrofertu byl premiér Babiš, který akcie Agrofertu kvůli změně zákona o střetu zájmů převedl v roce 2017 do svěřenského fondu.
Projednávání novely o ochraně ovzduší vzbudilo pozornost ujž před posuzováním vládou vzhledem k tomu, že ministerstvo dopravy své původně kladné stanovisko krátce před jednáním kabinetu změnilo s ohledem na postoje dalších ministerstev.
Pro zamítnutí novely, pod níž byli podepsáni také poslanci ODS, TOP 09, SPD a STAN, nakonec hlasovalo 78 ze 152 přítomných poslanců, pouze o jednoho více, než bylo třeba. Kromě zástupců ANO a ČSSD bylo pro odmítnutí také šest z deseti přítomných komunistů. Při prvním pokusu byli pro zamítnutí jen tři z nich.
