Od ledna 1946 pokračovala druhá, organizovaná fáze poválečného odsunu sudetských Němců. S ní souvisel vznik internačních táborů po celé republice. Transporty s vysídlenými Němci putovaly nejprve do americké okupační zóny a potom do sovětského okupačního pásma v Německu.
Transporty byly zastaveny definitivně v zimě 1946/1947. Historik Karel Kaplan uvádí, že z Československa bylo odsunuto 2 256 000 Němců a 660 000 ho opustilo před lednem 1946, než začal organizovaný odsun.
Na území Československa zůstalo přibližně 250 tisíc Němců, kteří z nejrůznějších důvodů nebyli odsunuti.
