Andrej Babiš podal v polovině května žalobu na ochranu před nezákonným zásahem. Městský úřad následně navrhl zamítnutí žaloby. Souhlasil také s tím, aby soud rozhodl bez nařízení veřejného jednání. Premiér ale podle serveru iROZHLAS zaslal soudu stanovisko, že na podané žalobě trvá.
Černošický úřad, který je úřadem s rozšířenou působností pro Průhonice, kde premiér žije, vede s Babišem řízení na základě podnětu podaného protikorupční organizací Transparency International. Babiš odmítá, že by ovládal média, a porušoval tak zákon. Uvádí, že vložením Agrofertu do svěřenských fondů ztratil vliv na holding i na všechny společnosti, které jsou do něj začleněné.
Městský úřad v předchozím obdobném řízení uložil Babišovi v roce 2019 pokutu 200 000 korun. Středočeský krajský úřad jako odvolací orgán však řízení zastavil, střet zájmů se podle něj neprokázal. Letos v lednu se ale na černošický úřad opět obrátila Transparency International s tím, že disponuje ve věci novými důkazy. Černošice proto zahájily nové přestupkové řízení, které chce nyní premiér zastavit soudní cestou. Argumentuje právní zásadou, podle níž nelze o stejné věci rozhodovat dvakrát.
Počátkem srpna úřad informoval, že řízení nebude kvůli podané žalobě přerušovat. Žaloba nemá odkladný účinek, a bylo tak na úvaze žalovaného úřadu, zda bude v řízení pokračovat, či zda vyčká na výsledek soudního řízení.