Ještě v 60. letech mělo sloužit jako městská skládka. Od roku 1978 je Prokopské údolí přírodní rezervací. V 70 metrů hlubokém kaňonu bývalo kdysi mořské dno, na březích údolí jsou dnes zachovalé skalní stepi a krasové útvary. Původní přírodní území by podle odborníků mělo být chráněno přísněji než smrkové monokultury v prvních zónách NP Šumava.