NKÚ kontroloval správu daně z příjmů právnických osob v letech 2013 až 2016. Od roku 2014 musí vybraní poplatníci k daňovému přiznání dávat přílohu s přehledem transakcí se spojenými osobami. GFŘ se ale podle kontrolorů nezabývalo tím, zda by taková změna neměla projít legislativním procesem. "GFŘ před jejím zavedením ani neanalyzovalo, jestli takto získávaná data skutečně mohou pomoci, nebo půjde jen o zbytečnou administrativní zátěž," uvedlo NKÚ. V roce 2016 se povinnost týkala 14 500 firem.
Podle GFŘ je takové tvrzení zavádějící. "Zavedení zmíněné přílohy bylo podrobeno veřejné diskusi se zástupci daňových poradců, akademické obce i velkých podniků," sdělil mluvčí ředitelství Petr Habáň. Existovalo několik variant včetně možnosti zavedení povinné dokumentace k převodním cenám. "Protože Finanční správa chtěla co nejméně zatížit daňové poplatníky, byla zvolena varianta přílohy k převodním cenám, a nikoliv varianta povinné dokumentace," uvedl mluvčí.
V letech 2013 až 2016 musely finanční úřady vracet plátcům 180 milionů korun za chybně vyměřenou daň, z toho 61 milionů korun tvořily úroky, zjistil NKÚ. GFŘ namítá, že celkové inkaso daně ve sledovaném období činilo 565,5 miliardy korun. "Chyby Finanční správy v procentuálním vyjádření k celkovému inkasu daně činí pouze tři setiny procenta," podotkl Habáň.
Statistiky o kontrolách Finanční správy v letech 2015 a 2016 označil NKÚ za nadhodnocené. Například v roce 2015 GFŘ uvedlo, že doměřilo na daních téměř 1,8 miliardy korun, po započtení takzvaných opravených prostředků to ale bylo jen 850 milionů. O rok později činil rozdíl 700 milionů korun, tvrdí NKÚ. Podle GFŘ je to tím, že odvolací řízení jsou časově náročná. "V předchozích kontrolách NKÚ nebylo výkaznictví kontrolním orgánem nikterak zpochybněno nebo rozporováno," uvedlo GFŘ.
Nejméně u 15 prověřovaných subjektů uplynula lhůta pro doměření daně
NKÚ rovněž Finanční správě vytýká, že se se zpožděním až v roce 2017 začala zabývat kontrolami korunových dluhopisů, a to například na základě informací médií. "Důsledkem toho bylo, že nejméně u 15 prověřovaných subjektů uplynula lhůta pro možné doměření daně," uvedl úřad.
Podle GFŘ je to ale zjednodušený závěr. Finanční správa dluhopisy dlouhodobě monitoruje, kontroluje a doměřuje, případy řeší soudy. "Až dosud však nikdy nebylo potřeba tento titul doměrku evidovat samostatně jenom proto, aby se Finanční správa mohla obhajovat před útoky z nečinnosti. Současně je však vhodné uvést, že podněty veřejnosti či médií jsou běžným zdrojem informací, využívaným v rámci kontrolní činnosti Finanční správy, a nelze ho hodnotit jako nesprávný," dodal Habáň.
Veřejnost se o korunové dluhopisy začala zajímat na začátku roku 2017 v souvislosti s tehdejším ministrem financí a nynějším premiérem Andrejem Babišem (ANO), který nakoupil tyto obligace své tehdejší firmy za 1,5 miliardy korun. Výnos činí ročně asi 90 milionů korun, Babiš z něj neplatí daň. Podané trestní oznámení vyšetřovatelé loni na podzim odložili. Kvůli kauze korunových dluhopisů tehdejší premiér Bohuslav Sobotka (ČSSD) v květnu 2017 odvolal Babiše z funkce ministra financí.
NKÚ uvedl, že v letech 2013 až 2016 vzrostla výše vybrané daně. V roce 2013 se za jednu korunu nákladů vybralo 217 korun na dani z příjmů právnických osob, v roce 2016 to bylo už 243 korun. "Na pozitivním trendu se podepsal především růst ekonomiky," dodal NKÚ.
