Antonín Pečenka se z plzeňského chirurga dokázal postupně vypracovat do vysokých pozic v resortu.
První zmínky o něm média přinesla již na jaře 1992. Tehdy působil jako zdravotní rada města Plzně a dohlížel nad tím, jak si pod dohledem odborné komise rozebírá tamní záchranná služba bývalý majetek KSČ pro svou potřebu.
Pečenka vstoupil hned z kraje 90. let do ODS. Ta jej také nominovala na ministerstvo zdravotnictví. V roce 1993 už působil na úřadě jako náměstek a plzeňská ODS jej dokonce nominovala do výkonné rady strany.
Intrikán? To odmítám
Na kongresu ODS v Kopřivnici - v listopadu 1993 - se kolem jména Pečenka strhla ostrá diskuse. František Pillman, který byl na jednání přizván jako host, rozdával delegátům písemnost hanobící právě Pečenku. Ve svém textu mu připisoval neomluvitelnou chlubivost. Pillman také tvrdil, že Pečenka šíří v tisku nepravdivé informace o stranických konkurentech. "Je to člověk, který běžně užívá intrik," varoval tehdy podle ČTK před Pečenkovým zvolením. Ten označil celý dopis za snůšku lží.
Jako náměstek na ministerstvu zdravotnictví pracoval Pečenka ještě v roce 1996. V té době se snažil prosadit jako lídr plzeňského kraje ve volbách do Poslanecké sněmovny. To, že ho nahradil Jan Ruml a na Pečenku nezbylo volitelné místo, nesl podle dobových zpráv velmi nelibě.
Po volbách do sněmovny se novým šéfem resortu stal Jan Stráský (ODS), který později Pečenku ze svých služeb propustil. Ten odešel na místo ředitele do Institutu postgraduálního vzdělávání ve zdravotnictví.
Po třech letech byl opět na odchodu. S jeho prací nebyl spokojen ministr zdravotnictví Zemanova kabinetu Ivan David (ČSSD). "Přestože je kvalifikovaný, tuto práci nezvládá tak, jak by bylo dobré," komentoval odvolání David v České televizi.
Pečenka s ním nesouhlasil a v prohlášení, které rozeslal médiím, tvrdil, že za jeho odvoláním jsou politické tlaky. "Jinak tomu nemůže být, protože ministerstvo v tuto chvíli nemá mezi příspěvkovými organizcemi hospodářsky stabilnější ústav," uvedl.
Milion, který zmizel
V té době také figuruje ve skandále v plzeňské ODS.
Nové vedení tamní centrály obvinilo manažerku strany z finančních machinací: Z účtu v Plzni zmizel milion korun - sponzorský dar od tehdejšího generálního ředitele Škody Plzeň Lubomíra Sudka. Manažerka strany skončila u soudu, kde svědčil i Pečenka. Vypověděl, že naprosto netuší, kam se peníze poděly. Soudní pře nakonec vyzněla do ztracena.
Znovu na sebe upozornil v roce 1998, před komunálnmi volbami. Tehdy dokázal ze dne na den zdvojnásobit počet členů své organizace a sestřelit tak tehdejšího žhavého kandidáta na primátora Plzně, se kterým byl podle LN v dlouholeté při.
Začátek 21. století Pečenku zastihne ve Všeobecné zdravotní pojišťovně. Působí jako náměstek ředitelky Jiřiny Musílkové, vede úsek zdravotní péče VZP. Veřejně vystupuje na téma, zda pojišťovna počítá či nepočítá s plošným očkováním proti meningokoku C anebo, zda lékaři šidí pojišťovnu.
Byl jedním z duchovních otců posílení kontrol nemocnic. "Od roku 2000, kdy začala cílená centrální revize nemocnic, se efektivita kontroly zvýšila třicetkrát. Kontroly sledují oprávněnost úhrady a potřebnosti i kvalitu péče," citovala jej ČTK v dubnu 2003.
Na ministerstvo zdravotnictví se jako náměstek vrátil až jako pravá ruka novopečeného ministra Davida Ratha.
