V obecní politice se Čunek začal angažovat v 90. letech, v roce 1998 se stal starostou Vsetína; radnici vedl do roku 2007 a pak ještě v letech 2014 až 2017.

Na celostátní úrovni Čunkova hvězda vylétla v roce 2006; na podzim byl poprvé zvolen senátorem a v závěru roku nahradil Miroslava Kalouska v čele lidovců. Krátce nato se stal místopředsedou vlády a ministrem pro místní rozvoj v koaličním kabinetu Mirka Topolánka (ODS).

Ještě téhož roku si však Čunek vysloužil ostrou kritiku některých médií a politiků, když nechal jako starosta vystěhovat nepřizpůsobivé romské obyvatele ze Vsetína do obytných buněk a později to odůvodnil slovy, že město pouze "čistí od vředů".

Jako člen vlády se Čunek potýkal s několika aférami; největší vyústila do trestního stíhání, když jej policie obvinila z přijetí půlmiliónového úplatku od firmy, která spolupracovala se vsetínskou radnicí při prodeji bytů; trestní stíhání bylo nakonec zastaveno poté, co se kauza na příkaz Nejvyššího státního zastupitelství přesunul k jinému státnímu návladnímu.

Z vlády Čunka vytlačila až aféra s pobíráním sociálních dávek; ve stejné době, kdy je čerpal, uložil v bankách přes tři miliony korun; v listopadu 2007 Čunek rezignoval na funkce ministra pro místní rozvoj a vicepremiéra; za půl roku se ale do vlády vrátil, když státní zastupitelství mezitím konstatovalo, že nespáchal trestný čin.

I po návratu do vlády jej ale tížily další aféry a na začátku roku 2009 z Topolánkova kabinetu odešel podruhé; v témže roce pak neobhájil funkci předsedy KDU-ČSL, delegáti strany dali přednost Cyrilu Svobodovi.

Valaši ale Čunkovi věřit nepřestali, už v komunálních volbách v roce 2010 dostal ve Vsetíně nejvíce preferenčních hlasů; o čtyři roky později obecní volby vyhrál a stal se znovu starostou; před dvěma lety navíc přidal ještě funkci hejtmana; opakovaně také obhájil křeslo v horní komoře (na funkci starosty rezignoval v dubnu 2017 po kritice, že je nejlépe placeným politikem v zemi).

Pokus o větší comeback na národní úrovni Čunkovi nevyšel; na loňském sjezdu KDU-ČSL kandidoval proti Pavlu Bělobrádkovi, získal však jen asi čtyři desítky z více než 200 hlasů.

Jiří Čunek označil Prague Pride za pochod smrti:

25:50

Sexualita by měla zůstat v ložnicích, Prague Pride ale zakázat nemohu, říká hejtman Zlínského kraje Jiří Čunek. | Video: DVTV, Daniela Drtinová