Andrej Babiš byl ve složkách Státní bezpečnosti veden jako tajný agent pod krycím jménem Bureš. Slovenský Ústav paměti národa, který je obdobou českého Ústavu pro studium totalitních režimů, zveřejnil dokumenty, které mají dokazovat, že je ve spisu veden jako tajný agent oprávněně.

Babiš to od začátku odmítá. Přiznal sice, že jako pracovník zahraničního obchodu firmy Petrimex přicházel s příslušníky StB do kontaktu, ale agentem tajné policie prý nebyl. Kvůli archivním svazkům, které mají dokazovat opak, v lednu 2012 podal na Ústav paměti národa žalobu.