Komise zahájila audit v roce 2018 na podnět protikorupční organizace Transparency International. Zpráva auditorů byla hotova koncem roku 2019 a od té doby o ní Brusel komunikoval s českými úřady. Kvůli tomu odmítala unijní exekutiva závěry auditorů zveřejnit až do konce letošního dubna. Nynější dopis auditorů Evropské komise, předaný Stálému zastoupení ČR při EU 4. června, reaguje podle Ministerstva pro místní rozvoj (MMR) na vyjádření resortu k auditu ze začátku letošního března.
"Ve svém dopise se auditoři Evropské komise vyjadřují k několika stále otevřeným zjištěním v rámci auditního řízení a opět žádají o důvěrné zacházení s informacemi týkajícími se neuzavřených zjištění," řekl serveru iRozhlas.cz mluvčí MMR Vilém Frček. Ministerstvo podle něj počká na českou verzi dopisu. "Po jejím obdržení bude mít česká strana lhůtu dva měsíce na reakci," doplnil.
Audit konstatující střet zájmů českého premiéra se týkal evropských dotací pro firmy z holdingu Agrofert, který Babiš dříve vlastnil. Akcie svých firem Babiš v roce 2017 vložil kvůli zákonu o střetu zájmů do svěřenských fondů. Podle auditu ale premiér fondy dále ovládá a má přímý ekonomický zájem na úspěchu Agrofertu. Podle auditu byl ohrožen nestranný výkon Babišových vládních funkcí, neboť se podílel na rozhodnutích, která měla dopad i na Agrofert. Zároveň se podílel na rozhodování o rozdělování unijních peněz v Česku.
S osobou českého premiéra je spojen také druhý unijní audit týkající se zemědělských dotací pro Agrofert. K auditní zprávě, která je neveřejná, se začátkem dubna vyjádřilo české ministerstvo zemědělství. Komise má během několika měsíců zahájit smírčí řízení.
