Druhá nejsilnější vládní strana přichází o moc nad městy. Na řadě radnic se politici z hnutí ANO rozhádali mezi sebou a následně se jim rozpadly koalice. Na přehled se podívejte v naší grafice.
Spory v hnutí ANO téměř rozložily brněnskou koalici hnutí ANO, Žít Brno, KDU-ČSL a zelených. Lidé kolem primátora za ANO Petra Vokřála kvůli údajné špatné komunikaci odvolali vlastního radního Tomáše Kratochvíla. Ne všichni partneři s tím ale souhlasili o hrozilo, že se rozhádají natolik, že koalice padne – dokonce se rozběhla zákulisní vyjednávání o nové koalici. Nakonec ale zvítězila klika primátora Vokřála, Kratochvíl byl kromě rady vyhozen i ze strany. Koalice spor ustála a Kratochvíla nahradil zastupitel Pavel Staněk z ANO.
Spor v Českých Budějovicích začal počátkem června, když musel z rady odejít radní Pavel Matoušek z ANO. On a jeho dva příznivci se o několik týdnů později podíleli na odvolání vlastního primátora Jiřího Svobody, následně byli z hnutí vyloučeni. ANO ale nakonec krizi ustálo a vrátilo se do vedení města. V září uzavřelo novou koalici, kde je primátorem opět Svoboda. Ten paradoxně spolupracuje se sociálními demokraty, kteří v červnu iniciovali jeho odvolání.
Na začátku listopadu byla odvolána hodonínská starostka Milana Grauová. Její konec podpořila i polovina zastupitelského klubu ANO. Zastupitelům se nelíbilo například to, že radnice zaplatila firmě manžela Grauové za analýzu, kterou zpracovala její dcera. Nebo že místní festival pořádala agentura, ve které taktéž sedí starostčini příbuzní. Odvolání Grauové vlastními straníky přesto bylo překvapivé – úřadující starostka, která kvůli kandidatuře za Babiše odešla od ODS, pomohla hnutí vyhrát volby a zároveň se stala významnou krajskou funkcionářkou. V čele města ji vystřídal její stranický kolega Milan Lúčka, který nyní vede nesourodou koalici ANO, ČSSD, části Svobodných a dvou místních hnutí. Grauová a členové ANO, kteří jí zůstali věrní, teď zvažují, jestli ze strany vystoupí.
Vleklé spory mezi pražskou primátorkou Adrianou Krnáčovou a šéfkou pražské organizace hnutí ANO Radmilou Kleslovou vyústily na konci října v rozpad celé magistrátní koalice, kde kromě ANO zasedalo ještě ČSSD a Trojkoalice. Stranický souboj dvou významných žen pražského ANO vyhrála alespoň prozatím Krnáčová – Kleslová musela skončit jako šéfka pražské organizace a nahradil ji její názorový oponent Martin Stropnický. Krnáčové se ale ani po několika týdnech nepodařilo vyjednat novou koalici, zčásti i proto, že její hnutí na nějaký čas zcela rezignovalo na jednání s případnými partnery. Navíc nemá zcela pod kontrolou ani vlastní zastupitelský klub, ve kterém je stále hodně příznivců Kleslové.
Kvůli vnitrostranickým sporům přišlo Babišovo hnutí o vládu nad opavským magistrátem. Primátor za ANO Martin Víteček se rozhádal se svou stranickou kolegyní a náměstkyní Simonou Bierhausovou. Víteček své náměstkyni vyčítá, že chce rozhádat hnutí kvůli nenaplněným osobním ambicím, podle Bierhausové naopak značce ANO škodí Víteček. Opavská buňka se rozpadla na dvě části a vedení hnutí ji raději celou zrušilo. V prosinci byla uzavřena nová koalice, ve které je Víteček náměstek, už ale v barvách nezávislých. Bierhausová a její lidé, kteří také přišli o stranickou knížku ANO, zůstali v opozici.
Problémy má hnutí i v městské části Ostrava-Jih. Na konci září hnutí nečekaně vyloučilo ze zastupitelského klubu nestraníka Lukáše Krále, který je zastupitelem obvodu i města. Konkrétní důvody roztržky nejsou známé, Král byl prý neloajální klubu. Na radní obvodu se navíc snesla kritika kvůli velkým personálním změnám na radnici, a to i od vlastních kolegů ze strany. Propouštění prověřuje i kontrolní výbor obvodu.
Ústí nad Labem bylo jedním z prvních měst, kde spory v hnutí ANO skončily pádem koalice. Na konci června tu šest zastupitelů ANO odvolalo vlastního primátora Josefa Zikmunda, následně se rozpadla koalice s hnutím Pro!Ústí podnikatele Martina Hausenblase. Do křesla starostky usedla Věra Nechybová (taktéž ANO), která se za tiché podpory opozičních stran spojila s Ústeckým fórem občanů. Babiš to veřejně označil za puč a rebelům zrušil stranickou buňku. Jeho strana, která ve městě vyhrála volby, tak v tuto chvíli nemá jediného zastupitele. Zikmund a pět jeho kolegů se přidalo do zastupitelského klubu TOP 09.