Kalousek byl kritizován za to, že v roce 2010 jmenoval svým náměstkem na ministerstvu financí exministra obrany Martina Bartáka (ODS), později stíhaného v souvislosti s armádními zakázkami. Barták nakonec z úřadu odešel. Kalouskův resort podal v roce 2011 trestní oznámení kvůli podezřelé zakázce pro firmu ProMoPro. Zakázku bez soutěže v době českého předsednictví firmě přidělila vládní sekce pro české předsednictví, kterou vedl Alexandr Vondra (ODS).