A o necelé dva roky později se Rath dočkal. Když Jiří Paroubek na podzim 2005 shání ministra zdravotnictví, někdejší radikál se mu dokonale hodí. Je tu však problém s prezidentem Klausem, který prezidenta ČLK odmítá jmenovat kvůli střetu zájmů. Rath dokáže, že si svůj styl zachová i v nové roli politika. Klause nazve "vrtošivým staříkem".