Spolupráci s StB dlouhodobě popírá, ve více než deset let trvající kauze naposledy podal k ústavnímu soudu stížnosti proti předloňskému rozhodnutí bratislavského krajského soudu a loňskému verdiktu nejvyššího soudu. Ty rozhodly, že Babiš měl žalovat slovenské ministerstvo vnitra a nikoliv slovenský Ústav paměti národa. Babiš v reakci na verdikt nejvyššího soudu loni v září uvedl, že jeho právníci toto rozhodnutí očekávali, proto už dříve zažalovali Slovenskou republiku zastoupenou ministerstvem vnitra. Řekl také, že se v kauze bude soudit klidně do konce života, nikdy se nevzdá a své jméno očistí.
Babiš v roce 2012 v souladu s dřívější praxí slovenských soudů zažaloval Ústav paměti národa, který na Slovensku spravuje svazky StB. Ústavní soud ale o pět let později, kdy zrušil dřívější verdikty krajského i nejvyššího soudu v Babišův prospěch, toto pravidlo prolomil. Ústavní soud tehdy ovšem neuvedl, kdo má být žalovanou stranou.
V roce 2019 pak ústavní soud zrušil ještě další rozhodnutí krajského i slovenského nejvyššího soudu, které naopak Babišovu žalobu ve zmíněné kauze zamítly. Příslušný senát to zdůvodnil tím, že obecné soudy neurčily, kdo má být ve sporu žalovaným. Právě řešení této otázky a nikoliv samotné oprávněnosti evidence Babiše v dokumentech StB bylo hlavním tématem, kterým se pak slovenské soudy zabývaly.
Archivní dokumenty uvádějí, že Babiš se v roce 1980 stal důvěrníkem StB a o dva roky později ho podle nich ke spolupráci s tajnou policií coby agenta s krycím jménem Bureš získal nadporučík StB Július Šuman. Ten ale při projednávání Babišovy žaloby u okresního soudu prohlásil, že tato informace není pravdivá a že Babiš k StB naverbován nebyl. Slovenský ústavní soud ve verdiktu z roku 2017 zpochybnil věrohodnost bývalých příslušníků StB, kteří u obecných soudů vypovídali v Babišův prospěch a jejichž výpovědi byly tehdy považovány za klíčové.
