Pákistánci ho nejdříve podporovali, postupně ale ztrácel jejich přízeň, když místo slibovaného přechodu k demokracii naopak posiloval své pravomoci a podle kritiků dusil politickou svobodu.
Tento obdivovatel Napoleona a Richarda Nixona s prošedivělým knírkem a brýlemi svrhl bez násilí premiéra Naváze Šarífa a v roce 2001 se stal prezidentem republiky. Po invazi USA do Afghánistánu po útocích z 11. září 2001 se jeho země připojila k postojům Washingtonu. Mušaraf se tehdy prezentoval jako regionální opora proti teroristické síti al-Káida, jejíž vůdci, spojenci Tálibánu, našli útočiště v kmenových oblastech sousedících s Afghánistánem. Unikl nejméně třem pokusům o atentát ze strany al-Káidy.
Během devíti let jeho vlády se v Pákistánu nastartoval hospodářský růst, zvětšila se střední třída či liberalizovala se média. Na Západě se těšil oblibě i díky svým výzvám, aby muslimové přijali životní styl "osvícené umírněnosti", sám měl slabost pro doutníky a whisky. Jeho odpůrci však opakovaně odsuzovali jeho převzetí moci, "nezákonné" odvolání soudců Nejvyššího soudu, zavedení výjimečného stavu a krvavý útok na těžce ozbrojené islamisty, kteří se v létě 2007 uchýlili do islámábádské Červené mešity.
Mušaraf se narodil 11. srpna 1943 v Dillí, čtyři roky před rozdělením Pákistánu. Základní vzdělání nabyl v pákistánském Karáčí, kam s rodinou přesídlil v roce 1947 po rozdělení britské Indie. Poté pobýval v Ankaře, kde byl jeho otec zaměstnán na pákistánském velvyslanectví. Do armády vstoupil za vojenského režimu Ajúba Chána v roce 1964, vystudoval prestižní vojenskou školu v Kvétě v provincii Balúčistán a válečnou školu v Kakulu v Severozápadní pohraniční provincii, později absolvoval speciální výcvik pro přepadové jednotky. Po studiích sloužil u dělostřelectva.
Jako náčelník generálního štábu armády v říjnu 1999 bez krveprolití svrhlo civilní vládu Naváze Šarífa. V červnu 2001 se prohlásil prezidentem a v dubnu 2002 zvítězil v kontroverzním referendu.
V této muslimské zemi byl zpočátku považován za umírněného, poté ale přijímal výjimečná opatření, aby si udržel moc. Jeho prohlášení, že "ústava je jen kus papíru k zahození", i jeho odkaz rozdělovaly názory v zemi, která od svého založení v roce 1947 zažila několik vojenských převratů.
Ve svých pamětech In the Line of Fire uvedl jako vzory vůdců Napoleona Bonaparta a Richarda Nixona, kteří byli známí svou houževnatostí.
V březnu 2007 se pokusil odvolat předsedu Nejvyššího soudu, což vyvolalo celonárodní protesty a několikaměsíční nepokoje, které vedly k zavedení výjimečného stavu. Po vraždě vůdkyně opozice Bénazír Bhuttové v prosinci 2007 prohrál v následujícím roce volby a ocitl se v izolaci. Nakonec byl pod tlakem justice a vítězné koalice ve volbách, která byla připravena zahájit proti němu řízení o ústavní žalobě, v srpnu 2008 nucen odstoupit.
Odjel do luxusního exilu v Londýně a poté v Dubaji, žil ze štědrých honorářů za své přednášky po celém světě.
V březnu 2013 ukončil svůj dlouholetý exil, aby se zúčastnil pákistánských voleb a "zachránil" zemi před ekonomickou stagnací a nebezpečím Tálibánu. Jeho ambice vrátit se do politiky však Pákistánci přijali s opovržením a rychle je zhatily četné žaloby. Nakonec mu nebylo umožněno kandidovat v parlamentních volbách, které vyhrál Naváz Šaríf, muž, kterého před 14 lety sesadil.
Několikrát ohlásil návrat, ale pak si to vždy rozmyslel, protože se obával, že bude po příjezdu uvězněn.
Mušaraf byl v Pákistánu v prosinci 2019 v nepřítomnosti odsouzen k trestu smrti za velezradu, protože v roce 2007 zavedl výjimečný stav. Krátce poté však bylo jeho odsouzení zrušeno.
Kromě toho byl také viněn z podílu na vraždě někdejší premiérky Bénazír Bhuttové v roce 2007 a z účasti na smrti radikálního duchovního Abdula Rašída Gházího, který téhož roku zemřel během vojenského obléhání Červené mešity v centru Islámábádu.
