Che Guevara byl ale také jedním z těch, kdo neváhal a rozhodoval o rozsáhlých popravách odpůrců kubánské revoluce. Hned po úspěšném zvratu 3. ledna 1959 ho Fidel Castro jmenoval šéfem věznice La Cabaña, kde Che Guevara dohlížel na popravy nepřátel nového uspořádání. "Ano, popravovali jsme, popravujeme a budeme popravovat," přiznal bez okolků OSN.