Podle nezávazné rezoluce, kterou EP schválil v polovině června, český premiér zpochybňuje nezávislý výkon své funkce, neboť se podílí na rozhodování o penězích z rozpočtu EU a zároveň kontroluje holding Agrofert.
Babiš toto tvrzení dlouhodobě odmítá s argumentem, že Agrofert vložil do svěřenských fondů a nemá na něj vliv. Česká vláda v pondělí části rezoluce kritizovala kvůli tomu, že se podle ministrů pokouší zasahovat do vnitřních záležitostí ČR.
Při jednání vlády se Petříček a ministryně práce Jana Maláčová (ČSSD) hlasování zdrželi, oba to tehdy zdůvodnili tím, že text usnesení dostali na poslední chvíli a neměli možnost si ho prostudovat. Petříček v neděli řekl, že by pro usnesení nehlasoval ani po prostudování návrhu, usnesení vlády považuje za zbytečné.
Ministr zahraničí upozornil, že vládní usnesení nepřispívá k budování české pozice před schvalováním finančního rámce EU na roky 2021 až 2027. Na podobě finančního rámce se musí dohodnout lídři EU, následně ho schvaluje i Evropský parlament. Podle Petříčka spor vlády s parlamentem nenahrává tomu, aby europoslanci podpořili priority, které Česko ve finančním rámci bude mít.
