"Veřejné vysoké školy nejsou organizační složky státu, nehospodaří s majetkem, který by státu patřil, a zdroje finančních prostředků vysokých škol nepochází výlučně ze zdrojů České republiky nebo státního rozpočtu," zdůvodnil Rais svůj návrh. Někteří poslanci podobně jako v prvním sněmovním čtení poukazovali obecně na současný značný počet různých prověrek, mnohdy i zdvojených.
Nejvyšší kontrolní úřad nyní kontroluje hospodaření se státním majetkem a plnění státního rozpočtu. Kontrolu hospodaření jiných subjektů než státu, tedy i obcí a krajů, může podniknout jen v případě, kdy hospodaří se státním majetkem.
Vláda navrhla, aby úřad mohl vedle hospodaření státu kontrolovat i nakládání s "dalšími veřejnými prostředky a s prostředky poskytnutými z veřejných rozpočtů", tedy i u územních samosprávných celků, s výjimkou obcí, kde obecní úřad nevykonává rozšířenou působnost. Kontroloři NKÚ by mohli také například do firem s většinovým podílem státu, krajů a obcí, do zdravotních pojišťoven, do veřejných výzkumných institucí a do České národní banky.
Pokus o rozšíření působnosti Nejvyššího kontrolního úřadu naposledy narazil v květnu 2016 v Senátu. Senátoři kritizovali to, že kontroly by se týkaly také obecních samospráv, a upozorňovali na duplicity kontrol, kterým už obce podléhají na základě jiných právních předpisů. Vláda pak předložila další návrh, o němž však Sněmovna do konce minulého volebního období nestihla rozhodnout.
